尽管黄豆被大量作为保健食品推广。然而，大豆包含自然产生的毒素或抗营养素。例如，大豆具有高水平的植酸，它可以减少以吸收人体必需的矿物质钙、镁、铜铁、锌的能力。大豆还含有胰蛋白酶抑制剂，会损害人体的消化蛋白质的能力，并导致胰腺疾病和生长发育迟缓。
大豆发酵时，这些毒素会被瓦解。但是，豆腐、毛豆、绿豆等豆类一般不发酵。所以这些东西只能是小份地吃。也许令人惊讶的是，大豆的传统形式，如制作成酱油，很可能要远远高于大豆原本的健康价值，因为酱油经历了一个长期的发酵过程，将毒素都去除了。
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