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控制霉菌污染，首先要了解霉菌的种类及其特点，在此基础上，才可提出合理、实际有用的防控方法，提高产品的质量安全。
与霉菌的生长繁殖关系密切的有水分、温度、基质、通风等条件，为此，只有充分的了解霉菌的生长习性，才能为控制霉菌提供理论依据。
（1）水分
霉菌生长繁殖首要条件是保持一定的水分，大部分霉菌于相对湿度90 %以上, 水含量18%的高湿度环境下以上容易生长。当食品中的水分活度为0.98时，霉菌最易生长繁殖，当水分活度在0.7以下时，霉菌的繁殖才受到真正的抑制，阻止产毒。所以，水分越高的产品，虽口感会更好，但伴随着长霉的风险也会更高。
（2）温度
温度对霉菌的繁殖及产毒有重要的影响，不同种类的霉菌其最适温度是不一样的，大多数霉菌繁殖最适宜的温度为25～30℃，在0℃以下或30℃以上，不能产毒或产毒力减弱。就如黄曲霉的最低繁殖温度范围是6-8℃，最高繁殖温度是44～46℃，最适生长温度37℃左右，但产毒温度则不一样，略低于生长最适温度，其最适产毒温度为28-32℃。
（3）营养基质
与其它微生物生长繁殖的条件一样，不同的食品基质霉菌生长的情况是不同的，一般而言，营养丰富的食品（如以碳水化合物为主要成分的植物性食品原料）其霉菌生长的可能性大，天然基质比人工培养基产毒为好。
（4）氧
霉菌为绝对好气性微生物, 于通气良好环境下生长较好, 故厌氧下其生长可抑制。
食品加工厂的霉菌污染源一般来自水、通风、操作人员、机械设备、食品原料和包材等。
（1）食品加工过程中常产生大量水汽，易造成墙壁潮湿及冷凝水形成的情况，易滋生霉菌。
（2）一些水槽、水桶、水管、自来水的水龙头、自来水管、地板与底板等水环境, 由于长期贮水, 所以污染情形常见。如，车间地面、明沟、气帽有积水潮湿；冷凝水的管路、墙壁、天花板、空调口等；生产过程产生的液体废弃物未及时清理出车间；离墙离地近的设备表面、潮湿墙面、冷风机容易产生冷凝水滋生霉菌。
（3）空气中浮游霉菌的二次污染，如空气中滋生的霉菌、人员走动时地面扬尘中含有的细菌、空调或新风管道吹出的霉菌等。
（4）操作人员自身的二次污染，如手部消毒不彻底、不洁净衣物手套接触食品，违反卫生管理制度及不良的卫生习惯，如不按规定佩戴口罩遮住鼻子、包装间没按规定穿连体衣等等。
（5）设备、容器的交叉感染，如设备、容器不按规定流程定期清洗等、消毒液选用不当或使用剂量不够等。
（6）原料带入的二次污染，可能由于质量不过关或者在储存条件不当受到霉菌污染。
（7）通过包材的污染，如包装材料密封性不好，外包装或包装袋表面不清洁，附着有微生物，若杀菌不彻底，则其残留的霉菌素会直接污染食品。
1、控制车间温湿度
对生产车间霉菌有效控制，首先必须控制车间的温度和湿度，常开抽湿机及空调，尤其是潮湿天气，建议车间温度在24度以下，湿度控制在55%以下，确保车间干爽，因为过高的温湿度会促进霉菌的生长。同时应设有效的换气设施，保证车间抽湿机正常运转，保证车间内部空气能够达到要求指标，空调的换气程度好坏直接影响到霉菌的产生。如果车间能保证及时将含有大量水份的空气排出车间，以防止室内温度过高、蒸汽凝结或异味等发生，大大缩小了可能存在霉菌的可能性。
2、对车间进行空气消毒
包装间可配上臭氧消毒机、紫外灯（装在包装机上方）等。晚上工人下班后，每日车间的空气杀菌可采用臭氧消毒机和紫外线等同时进行，防止空气中滋生的微生物累加到白天造成对产品不利，当然，要记得下班后打开，第二天上班前关闭，消毒期间人员必须撤离。在潮湿天气，建议包装间每隔2周用甲醛进行彻底的熏蒸消毒。
3、班前、班后工器具注意消毒
酒精喷雾消毒是制造食品时防止霉菌与细菌污染常用的方法， 每天班前、班后对车间内部墙壁、风机、下水道、案面、手部、围裙套袖、预冷库和库门、速冻库门、包装室、工器具消毒间使用75%的酒精喷洒消毒，班中每2小时对风机、墙壁、下水道实施75%的酒精喷洒。
4、控制车间内卫生，避免死角位
首先要保持生产车间的内部工具的清洁和卫生，注意对一些卫生死角进行严格的卫生清理和保持。每天下班后清洗干净工器具、设备等，每半月实施一次深度清洁。即管理者与操作人员应具有卫生观念, 随时注意操作的卫生与减少污染的可能性 , 必须从加强员工卫生教育着手。比如，操作案面的背面，天花板、墙壁、空调、制冷风机、抽湿机、干手机等的卫生清理，清理完卫生后所有的墙壁、天棚、设备、器具、案面表面要用酒精擦两遍以上。
5、保证操作人员的清洁卫生
人员的工作服、更衣室等，必须保持卫生清洁，定期清洗和进行紫外线或臭氧杀菌，防止人为造成霉菌的交叉污染(不可在有人情况下杀菌)。
工人每次进入车间前（尤其是冷却包装间），先用洗手液洗手，然后换工作服、戴袖套、围裙、帽子、口罩，然后双手泡入消毒液（二氧化氯溶液或在超市买家庭用的消毒液稀释）中5秒，然后直接甩干或用干手机烘干。
6、杜绝车间的污染源，设置洁净室
在食品工厂内的加热后放冷至包装阶段，为最需防止外部浮游菌侵入和落菌的污染，有条件可以设置洁净室，利用空气导入设施，将可达到空气洁净化, 减少污染的目的。
