CFU的计量方式与直接计数菌体数量不同，它专门计算能够在培养基上生长形成菌落的活细菌。理论上，一个活细菌在适宜条件下可以形成一个菌落，但实际上，由于细菌可能吸附在微小颗粒上或粘连在一起，多个细菌可能共同形成一个菌落。因此，CFU并不等同于细菌的实际数量，而是一种基于能够形成可见菌落的活细菌的估算值。

CFU计数不能精确反映细菌的真实数量的主要原因：

1、菌落合并：在实际操作中，待测样品往往难以完全分散成单个细胞，因此长成的一个单菌落可能来源于样品中的两个或更多个细胞的聚集生长。

2、培养条件限制：并非所有细菌都能在标准的培养条件下生长，有些细菌可能因为特殊的营养需求或生理特性而无法被培养出来，这会导致实际存在的细菌数量被低估。 

3、菌落形成单位的定义：CFU计数是基于活菌计数的，即每个菌落代表一个能够形成可见菌落的活细菌细胞或细胞群体。这个计数方法假设每个菌落起源于单一的细胞，但实际上可能并非如此。 

4、操作误差：在样品的稀释、接种和计数过程中，人为操作可能引入误差，这些误差会影响最终的计数结果的准确性。

5、菌落计数的主观性：菌落计数依赖于人工观察和计数，不同的观察者可能会有不同的计数标准，从而导致结果的变异。