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大肠菌群检测的关键在于方法的选用，食品中大肠菌群检测有两种表示方法。
1、是以100mL(g)检样内大肠菌群最大可能数(MPN)表示，检测方法需使用GB/T 4789.3-2003《食品卫生微生物学检验大肠菌群测定》；
2、以每g(mL)样品中大肠菌群的MPN值表示，检测方法需使用GB 4789.3-2016《食品安全国家标准 食品微生物学检验 大肠菌群计数》。
3、现行食品标准中规定的大肠菌群指标以“CFU/克或CFU/毫升”为单位的，适用GB 4789.3-2016，故检测样品前需根据产品标准认真选择方法。
例如，GB/T2717-2003酱油卫生标准中对大肠菌群的要求需使用方法一GB/T 4789.3-2003。又如GB/T 2718-2014酱油卫生标准中对大肠菌群的要求需使用方法二GB4789.3-2016。
二、大肠检测过程锦囊知识分享
1.MPN法：大肠菌群的国标检验法采用三步法，即乳糖发酵、分离培养和证实实验。
第一步乳糖发酵试验室样品的发酵结果，不是纯菌的发酵试验，所以初发酵阳性管经过后两步，有可能成为阴性。大量检验数据证明，食品中大肠菌群检验程序的符合率、初发酵与证实试验相差很大，不同食品三步法的符合情况也不一致。
2.平板法：第一做平板法的时候需要覆盖第二层培养基，它的作用是：有助于典型菌落形成也为了防止蔓延性细菌生长。第二，挑菌，其实这一步主要怕挑菌的时候挑不到菌，其实你可以把带菌的部分培养基完全挑起来（不要怕培养基包含着它出不来）放到BGLB内，然后用手腕力摇一下试管就可以把培养基打碎。
一般来说，如果平板上有较多典型大肠菌群菌落，革兰氏染色为阴性杆菌，即可做出判断。如果平板上菌落数较少或不够典型，则应多挑菌落做证实试验，以免出现假阴性。只做一步初发酵，对某些食品来说误差较大。这样做，会有相当部分的合格样品被作为不合格样品处理，应予以注意。
3.初发酵产气量：在糖发酵试验中经常可以看到，在发酵套管内存在极小的气泡（有时比小米粒还小），类似这种情况能否算是产期阳性，这是很多人经常遇到的问题。大肠菌群的产气量，多者可以使发酵套管充满气体，少者产生比小米粒还小的气泡。一般来说，产气量与大肠菌群检出率呈正相关，但随样品种类而有不同，有米粒大小气泡的也有阳性检出。另外，对未产气的乳糖发酵管是否均应做阴性处理，根据大量时间工作经验来看，对这种情况应慎重考虑，有时会遇到在初发酵时产酸无气，但复发酵却证实为大肠杆菌阳性。有时套管内虽无气体，但在液面及管壁可以看到缓缓上升的小气泡。所以对未产气的发酵管有疑问时，可以用手轻轻敲动或摇晃试管，若有气泡沿管壁上浮，即考虑为有气体产生，应做进一步试验观察。这种情况的阳性检出率可达半数以上。
4.复发酵是为什么用BGLB呢？
从它的成分蛋白胨、乳糖、牛胆粉、煌绿来看，蛋白胨提供氮源，乳糖提供碳源并作为指示剂，牛胆粉(oxgall或oxbile)溶液抑制革兰阳性菌生长煌绿水抑制革兰阳性菌和部分阴性菌生长。
5.EMB平板（挑选菌落）：在检验方法中我们选用伊红美蓝平板为分离培养基，在该平板上，大肠菌群菌落大多呈紫黑色有金属光泽或无金属光泽。菌落形态的其他方面（如菌落的大小、光滑与粗糙、边缘完整情况、隆起情况、湿润与干燥）虽也应注意，但不如色泽方面更为重要。
挑取菌落数与大肠菌群的检出率也有密切关系。在实际工作由于工作量较大，通常只挑取一个菌落，但影响大肠菌群检出率的因素很多，如食品种类、菌落色泽和形态、细菌种类等，只挑取一个菌落，由于几率问题，很难避免假阴性的出现，尤其当菌落不典型时。所以，挑取菌落时一定要挑取典型菌落，若无典型菌落则应多挑取几个菌落，以免出现假阴性。
6.MPN检索表使用
GB/T 4789.3-2003检索表中阳性管数是以1mL(g)×3、0.1mL(g)×3和0.01mL(g)×3的梯度进行表示，GB 4789.3-2016阳性管数是以0.10、0.01和0.001的梯度表示,均按照稀释倍数推算结果，结果相同。推算方法以GB 4789.3-2016为例，改用1g(mL)、0.1g(mL)和0.01g(mL)时，表内数字应相应降低10倍;如改用0.01g(mL)、0.001g(mL)和0.0001g(mL)时,则表内数字应相应增高10倍,其余类推即可。
