1996年德国伯恩斯坦大学的Meyer Rolf等论证了PCR检测转基因食品的可能性。利用该方法在鉴定转基因抗除草剂大豆RoundUp ReadyTM Soybean(RRS)和转基因抗虫玉米系列标准品Btl76 Maxi maizer的实验中，可以检测到仅为0．5％转基因成分。Matsuoka等通过对7种转基因玉米转入的外源基因的序列分析，设计了14对检测该7种转基因玉米启动子、终止子和结构基因的引物，分别对转基因玉米、非转基因玉米、转基因大豆、非转基因大豆进行了PCR扩增检测，同时为检测所设计引物的特异性，还对其他作物如水稻、大麦、小麦等进行了PCR扩增，检验结果表明该方法能够快速有效地检测转基因玉米品种。每一次实验均需要设有阴性及阳性对照以确保实验结果可靠性。在样品采集及处理过程中也需要注意防止污染。

多重PCR是常规PCR方法的改进，它是在同一个反应中同时扩增两个或多个目标基因序列。这种方法具有更大的可靠性和适应性，并且能降低检测成本。多重PCR可以同时针对几个靶位点进行PCR技术检测。V．T．Forte等利用其设计的多重PCR方法对转基因大豆和Bt玉米样品进行实际检测，结果表明该方法能够准确的检测食品中是否含有转基因成分，其检测结果可以精确到2％～0．1％的范围。Permingeat等仅用两对引物就可同时检测出转基因玉米Btl76、 MON810、Btll和T25的CrylA(b)和pat基因。多重 PCR也可同时准确地扩增出Roundup Ready大豆的 NOS和epsps序列片段。

巢式PCR(nested PCR)是在普通PCR基础上发展起来的一种PCR技术。其原理是设计两对引物，其中一对引物在另一对引物扩增产物的片段上，通过二次PCR反应对某个基因进行检测。

以放射性或荧光标记的外源目的基因的同源序列作为探针与该食品原料农产品的总DNA进行杂交。首先用限制酶消化受体总DNA，通过琼脂糖凝胶电泳按大小分离所得的片断，随后使DNA在原位发生变性，并从凝胶转移至一固相支持体上。DNA转移至固相支持体的过程中，各个DNA片断的相对位置保持不变，用放射性或荧光标记的探针与各个DNA片断杂交，经放射自显影确定与探针互补的电泳条带的位置。核酸印记法技术用于食品外源基因的检测可检测出外源基因与内源基因有高度同源性的DNA片断，且准确可靠，但对样品的纯度要求较高，费用也较高。

 

通过比较要扩增的样品中目标DNA和在同一体系中进行扩增的已知量的竞争性DNA而得到的，竞争性DNA必须与目标DNA具有相同的引物和不同的分子量，以便二者既能同时进行扩增反应又能使扩增后的两种产物通过凝胶电泳区分开来。Anastasia k等在竞争性PCR的基础上，对双竞争性定量PCR(Double cmantitative competitive PCR，DCPCR)进行了研究，并与实时PCR进行了比较，证明竞争性PCR具有灵敏度高、探针价格更低廉的优点。

这是在转基因食品检测中非常重要的一种检测技术。在该体系中，除了两条普通的引物外，还有一条在5’和3’端分别标记了报告荧光染料基团(R)、粹灭荧光染料基团(Q)，并与PCR产物特异片段结合的寡核苷酸探针。它通过分析起始拷贝数的方式以标准品制备标准曲线，从而判定待检产品中的转基因含量。在整个检测过程中闭管操作，使用荧光染料特异标记PCR产物，实时显示PCR产物的动态积累，且没有繁杂的后续处理过程，避免了产物的污染，方法快捷、灵敏、有效。

多重荧光PCR技术是多重PCR和实时荧光定量PCR的结合，该技术除了应用转基因生物检测外，还有着广泛的应用前景和领域。多重荧光PCR可同时检测多种病原细菌，具有快速、简便、准确、特异的优点。