色谱柱在使用过程中避免强烈的碰撞和震动。各个厂家生产的色谱柱在接口尺寸上会有差异，如果柱头类型和不锈钢毛细管接头两者类型不匹配，将会产生漏液或者死体积过大的现象。接头比柱头深度长，不易拧紧而漏液；接头比柱头深度短，柱头内留有空隙而产生死体积，使谱带展宽和峰拖尾。

色谱柱平衡指的是用完整的分析程序，运行几遍测试，等观察到峰形、保留时间和峰面积稳定为止，平衡即完成。另外，在使用缓冲盐时，应该先使用同等比例的水过渡，再将缓冲盐引入色谱柱，以防止盐析发生，从而损坏色谱柱。同理，使用缓冲盐之后，一定要用较大比例的水相冲洗60min以上，将色谱柱中的缓冲盐彻底冲洗干净，防止盐析。如果不使用缓冲盐流动相，也需要冲洗，用大比例的有机相彻底冲洗柱内的有机物，防止其沉积影响柱效或影响下一次实验谱图。

最好遵守色谱柱说明书中的保持方式。在实际应用中为了方便也可以如下使用：短期保持用所用的流动相保存为佳，这样做可以减少下次使用的平衡时间。一般情况下，建议长期用80%甲醇或乙腈来保存反相柱。纯有机相保持有最大限度减少键合相水解的作用，但纯甲醇（乙腈）又会将已水解而暂时吸附在柱内的键合相洗脱出去，使固定相流失进程加快，缩短寿命；另外，纯有机相保存时，溶剂易挥发，导致柱床变干，也会容易损坏色谱柱。正相柱一般应保持在所用流动相中。