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波长 200-290mm 的紫外线，可透过细菌或病毒的细胞膜对控制着遗传现象和生物机能核酸造成损伤，使它失支繁殖能力，从而达到杀菌的目地。
核酸对于波长 250-260mm 的紫外线，有特别容易吸收的倾向。这就是为什么这种波长的紫外线杀菌能力最强的缘故。按照要杀灭的微生物所需的紫外线照射量进行来菌处理，而又不使水质发生任何变化，在极短时间内进行一闪性灭菌，效果良好。而且，这种处理是在直管流通型的装置内完成的。
在紫外线杀菌方面，杀菌力的大小以相对于处理水时的紫外线照射量 mw.s/cm²( 紫外线照射强度 [mw/cm²×时间 ]）来表示。紫外线照射击量的大小与杀菌率的大小有相关关系。
各种微生物对紫外线的敏感程度，因菌种的不同而有差异。根据以芽孢杆菌属 (Bacillus)为对象 (含 B.subtlis)进行的工厂试验结果表明，在照射量 D 10= mw.s/cm²时，杀菌率达到 99.5% 。为此，实际装置的设计照射量相当于 D 10 × 4 ，即 50mw.s/cm²
