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一、色谱柱平衡：
高效液相色谱中保留时间发生漂移，首先应考虑色谱柱是否已用流动相完全平衡。通常平衡需要10～20倍柱体积的流动相，但如果在流动相中加入少量添加剂（如离子对试剂），则需要相当长的时间平衡色谱柱。
二、固定相流失：
固定相的稳定性都是有限的，即使在推荐的pH值范围内使用，固定相也会慢慢水解。例如硅胶基质在pH = 4时水解稳定性最好。
固定相水解速度与流动相类型和配体有关。双官能团配体和三官能团配体比单官能团配体的键合相稳定，长链键合相比短链键合相稳定，烷基键合相比氰基键合相稳定的多。
经常清洗色谱柱也会加速固定相水解。
三、色谱柱污染：
高效液相色谱柱是非常有效的吸附性过滤器，它可以过滤并吸附流动相携带的任何物质。污染源可以是流动相本身、流动相容器、连接管、泵、进样器、密封垫和样品等。通常通过实验可判断污染来源。
如果样品中有在色谱柱上保留很强的组分，这些组分可能是使保留时间漂移的潜在根源，根源通常是样品基质，可以通过固相萃取等样品前处理除去样品基质。通常样品中强保留组分的分子量较高，保留时间漂移的同时或其后，反压会增加。
四、流动相组成变化：
流动相组成的缓慢变化也是保留时间漂移的常见原因，如流动相中易挥发组分的挥发和循环使用流动相等。
五、流动相污染：
溶于流动相中的少量污染物可能慢慢富集到色谱柱上，从而造成保留时间漂移。
注意：水是很容易污染的流动相成分。
六、疏水坍塌：
当小孔径和端基封口良好的反相色谱柱使用接近100%的水为流动相时，有时会发生分离突然丧失、样品保留明显降低或完全不保留，此现象称为疏水坍塌。
