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管理体系运行是一项理论性与实践性均较强的过程，不能强调实践性而忽视理论性，也不能强调理论性而忽视实践性，实验室应研究管理运行的规律，增强管理运行的投入，实现管理体系的稳定运行。
（1）需做好“三部曲”。实验室应建立、实施和保持管理体系，建立，从无到有的过程；实施，用实际行动去开展和落实；保持，维持运行状态使其不消失或减弱。实验室应注意：不只是建立管理体系，还应实施管理体系，不只是实施还应保持其运行状态，建立、实施和保持是管理体系的完整过程，不能只有其一，没有其二。
（2）需清楚“目的性”。建立、实施和保持管理体系是确保实验室活动结果的质量，管理体系运行是手段而非目的，实验室应处理好手段与目的的关系，不可本末倒置。所以，管理体系在运行过程中不宜死板教条地采用“分解”动作，而应在充分理解的基础上，采用“连贯”动作，从而提升管理运行的成效。
（3）需拥有“明白人”。管理体系能否达到预期结果，最高管理者的作用不可替代。最高管理者不同于普通员工，其态度会影响组织的态度，应基于对社会、客户、员工负责的态度，更是为自身着想，推进管理体系实施，就像成功的组织都有一个有远见的“带头人”，实验室也应有一个有耐心的“明白人”。
（4）需保持“持续性”。管理体系运行最终仍需所有员工的积极参与，理解掌握管理体系有难度，但并非掌握不了。实际上，管理体系适用于所有人员，但每个人员并不运行所有要素，每个人只需熟悉相关的，掌握自己的，掌握自己的是关键，经过持之以恒、不懈努力，终会打开规范运行的大门。
