2013年3月10日，国务院公布机构改革和职能转变方案，将组建国家食品药品监督管理总局，食品监管“九龙治水”的局面将终结。方案提出，将食品安全办的职责、食品药品监管局的职责、质检总局的生产环节食品安全监督管理职责、工商总局的流通环节食品安全监督管理职责整合，组建国家食品药品监督管理总局。

此前国内共有4个地区开展了食品安全监管改革试点。广东的深圳和顺德搞大部制改革，建市场局，被称为“南派”。陕西渭南和天津滨海新区搞职能整合，建食药监局，被称为“北派”。最终的“大部制”改革方案，在监管衔接和内部职能设置等方面充分吸取了渭南改革的经验和教训。

2013年3月22日，国家食品药品监督管理总局正式挂牌。