小孢子 microspore 在孢子分大小两形时其小形者称为小孢子。在蕨类植物，小孢子囊中产生32个或64个小孢子，可萌发形成极度退化的由几个细胞构成的雄性原叶体。水生蕨类的槐叶萍（Salvinia natans）、满江红（Azol-la imbricata）的小孢子，在小孢子囊内萌发时，可产生由四个营养细胞、两个精子器构成的雄性原叶体，由于生长的压力，孢子壁破裂而一部分裸露出来。另外被子植物和裸子植物花药内的各花粉四分体也称为小孢子，它们将来发育成与雄性原叶体相同的花粉粒，因此认为它是相当于蕨类植物的小孢子。