目前，大棚注重有机肥并以底施为主的问题解决得比较好，但施用不合理仍然严重存在。主要有以下几点：
1、施用熟化程度不高或未经熟化的粪肥，病菌虫卵大量存在，氨害伤根的问题时有发生。
2、鸡粪连年大量施用致使磷肥超限严重，加剧土壤酸化、盐渍化，并加重锌、铁、钙离子的缺乏。磷素阻碍锌的吸收、运输和利用，降低铁的活性，影响钙在植物体内的作用发挥。第一年施用鸡粪亩用量8—12方，第二年及以后亩用量以3—5方为宜，有机肥不足部分可用猪粪、牛粪等其它有机肥补充。
3、大棚基本不用作物秸杆有机肥的现象很普遍。事实上秸杆是大棚种植必不可少也是难以取代的有机肥。它不仅能提供大量的钾素和丰富的有机质，更主要是补充大棚二氧化碳，调整碳、氮比，改善土壤团粒结构，增加土壤有益微生物群落，改善土壤微生态平衡，缓解施肥不当造成的盐害。大棚施用秸杆肥可以是锄碎为5厘米左右长度的非腐熟的秸杆，在定植前一个月施翻耕作层下，浇水后缓慢腐熟，亩用量1000—1500公斤。以稻草、玉米杆、麦秸为好。