首先，因为有机肥料总养分的含量比较低，市场上一些肥料一般氮磷钾总养分含量比较容易达到要求，但有机质的含量却多有不合格。
第二，有机肥料是一种益于加工、制作的肥料，因此有相当一部分规模较小的企业进行了手工作坊式生产，这样的有机肥料产品质量难以得到保证。
第三，有机肥包装标识常常出现一些误导，如一些假冒伪劣肥料，通常都以有机肥料的形式供应给农民，甚至有有机尿素等假冒伪劣肥料的出现。
另外，农民朋友要特别注意，不要使用由城市垃圾、污泥等废弃物制作的肥料。通常比较正规的有机肥料是由动植物残体及其排泄物制成的，也就是猪粪、鸡粪、牛粪等经过发酵加工制成的。