目前国内外鱼粉的加工方法多根据鱼脂肪含量的多少进行加工，分为“高脂鱼”和“低脂鱼”2种加工工艺。
①高脂鱼的加工工艺
是对脂肪含量较高的鱼粉先进行脱脂然后再干燥制粉的加工过程。首先，用蒸煮或干热风加热的方法，使鱼体组织蛋白质发生热变性而凝固，促使体脂分离溶出。然后对固形物进行螺旋压榨法压榨，固体部分烘干制鱼粉。干燥的方法分为干热风和蒸汽法2种。前者吹入干热风的温度因热源形式不同，可从100～400℃不等；后者使用蒸汽间接加热，虽然干燥速度慢，但鱼粉质量好。整鱼经过去油、去浸汁、干燥、粉碎后的产品，蛋白质含量在50%～60%不等。榨出的汁液经酸化、喷雾干燥或加热浓缩成鱼膏（fishsoluble）。鱼膏的原料还可以用鱼类内脏，经加酶水解、离心分离、去油，再将水解液浓缩制成鱼膏；制成后的鱼膏可直接桶装出售，也可用淀粉或糠麸做为吸附剂再经干燥、粉碎后出售，后者称为鱼汁吸附饲料或混合鱼溶粉（compoundfishsalubleprowder），其营养价值因载体而异。
②低脂鱼的加工工艺
是对体脂肪相对含量低的鱼及其它海产品的加工过程。根据原料的种类一般分为全鱼粉和杂鱼粉2类。全鱼粉是对脂肪含量少的鱼进行整体直接加热干燥，失去部分水分后再进行脱脂，固形物经第2次干燥至水分含量达18%，粉碎制成鱼粉。通常每100kg全鱼约可出全鱼粉22kg。蛋白质含量在60%左右。杂鱼粉：是将小杂鱼、虾、蟹以及鱼头、尾、鳍、内脏等直接干燥粉碎后的产品又称鱼干粉，含粗蛋白质45％～55%不等。或在鱼产旺季，先采用盐腌原料，再经脱盐，然后干燥粉碎制得。这种鱼粉往往因脱盐不彻底（含盐10%以上），使用不当易造成畜禽食盐中毒。