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在制备培养基时，应选择质量符合要求的脱水培养基或单独配方组分进行配制。脱水培养基应附有处方和使用说明，配制时应按使用说明上的要求操作以确保培养基的质量符合要求，不得使用结块、颜色发生变化或其他物理性状明显改变的脱水培养基。对于已开封的脱水培养基应尽快使用，如果不能及时用完，可以进行存放效期验证，确认最长存放周期。脱水培养基或单独配方组分应在适当的条件下贮藏，如建议按照使用说明书上的要求进行贮藏，如低温、干燥和避光，所有的容器应密封，尤其是盛放脱水培养基的容器。为保证培养基质量的稳定可靠，各脱水培养基或各配方组分应准确称量，并要求有一定的精确度。配制培养基最常用的溶剂是纯化水，特殊情况下，可能需要用去离子水和蒸馏水。应记录各称量物的重量和水的使用量。
脱水培养基应完全溶解于水中，再分装与灭菌。配制时若需要加热助溶，应注意不要过度加热，以避免培养基颜色变深。如需要添加其他组分时，加入后应充分混匀。应按照生产商提供或使用者验证的参数进行培养基的灭菌。商品化的预制培养基必须附有所用灭菌方法的资料。培养基灭菌一般采用湿热灭菌技术，特殊培养基可采用薄膜过滤除菌。用于环境监测的培养基需特别防护，以防止外来污染物的影响及避免出现假阳性结果，推荐用双层包装和终端灭菌。
培养基灭菌后不得贮藏在蒸汽灭菌柜中，琼脂培养基不得在0℃或0℃以下存放，因为冷冻可能破坏凝胶特性。培养基保存应防止水分流失，并在避光条件下。琼脂平板最好现配现用，如置冰箱2~8℃保存，一般不超过1周，且应密闭包装，若延长保存期限，保存期需经验证确定。
固体培养基灭菌后的再融化只允许1次，以避免因过度受热造成培养基质量下降或微生物污染。培养基的再融化一般采用水浴或流通蒸汽加热。融化的培养基应置于45~50℃的环境中，不得超过8小时。倾注培养基时，应擦干培养基容器外表面的水分，避免容器外壁的水滴进入培养基中造成污染。
