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基质效应可对方法的定量限(LOQ)、检出限(LOD)、线性、准确度和精密度产生严重的影响。基质是样品中被测物以外的组分，常对被测物分析有显著的干扰，并影响测定结果的准确性，这些干扰和影响被称为基质效应。基质效应表现为离子抑制或离子增强。
液相色谱-串联质谱中的基质效应产生的原因一般认为是由于基质中的非挥发性组分与待测物质，在雾滴表面离子化的过程中产生竞争，影响电喷雾接口处的离子化效率。这些非挥发性的基质组分将雾滴吸引在一起，阻止其裂解成更小的微滴。
根据接口处离子化和离子蒸发过程中的变化情况，这种竞争可能会增强(离子增强)或者妨碍(离子抑制)被分析物离子的形成效能，也就是说被分析物离子的形成效能与进入电喷雾离子源的基质密切相关。也有人认为基质效应是由于待测组分与基质中内源性物质共洗脱而引起的色谱柱超载所致。
产生基质效应的干扰性物质分为两类。 一类叫做“内源性物质”：它源自于被分析物本身，并保留在最终提取液中的物质，包括盐、强极性化合物、表面活性剂以及与目标化合物结构类似的脂类、胺类、肽类等。
另一类叫做“外源性物质”：它并非来自基质本身，而是来源于方法建立过程中外部环境，包括塑料和聚合物残留、离子对试剂、有机酸、缓冲溶液等。
因此，在方法建立过程中，全面了解基质效应的消除(或最小化)方法至关重要。目前，在液相色谱-串联质谱方法建立过程中详细说明基质效应消除方法的文章在国内还较少。消除基质效应的方法有： (1) 选择合适的样品前处理方法； (2) 选择合适的色谱分离条件； (3) 优化质谱分析条件； (4) 使用合适的内标； (5) 采用基质标准溶液校正。
样品溶液上机前提取、净化的程度，决定了样品溶液中基质成分以及残留数量的不同，从而导致不同程度的基质效应。因此，样品前处理方法的选择直接影响基质效应的强度。 传统的消除基质效应的前处理方法有：蛋白质沉淀(PPT)、液液萃取(LLE)、固相萃取(SPE)、样品稀释(或减少进样量)等。
对蛋白质沉淀、液液萃取、固相萃取(反相固相萃取柱、离子交换柱、混合型固相萃取柱)等几种常规的样品前处理方法进行了比较。
结果显示，蛋白质沉淀方法的效果最差；其次是反相固相萃取和离子交换固相萃取；效果最好的是兼具反相和离子交换机理的混合型固相萃取柱；液液萃取也可以达到较好的净化效果，但是对于极性化合物的回收率较低。在使用了混合型离子交换柱，使液相色谱-串联质谱方法检测人体血液中的美沙特罗残留量的基质效应降到最低。
在此两组实验中，对于这几种常规的前处理方法，混合型固相萃取柱的净化效果最佳。同时，固相萃取柱上样前的处理以及淋洗、洗脱条件的不同，都会导致最终基质效应的不同。 比较硅胶基质和聚合物基质的反相固相萃取柱，结果表明，对于这两种固相萃取柱, 以甲醇魏洗脱液，减少干扰物磷脂的洗脱，必须减小洗脱液中甲醇的比例，而对于硅胶基质反相固相萃取柱100%的乙腈可以显著降低干扰物磷脂的洗脱，同时，使目标物得到最佳的回收率。因此，使用硅胶基质固相萃取柱，以乙腈洗脱，使实验达到最佳效果。
在上述研究中，固相萃取柱作为最有效的消除基质效应的方式应用于实验中。但是，对于不同分析物，还要通过实验来确定最优(基质效应影响最小)的前处理方法。对尿液、口腔液、血浆中的违禁药进行检测，根据各种前处理方式对不同基质的净化效果、不同样品的预期浓度、最低检出限要求,确定不同的基质效应消除方法。尿液采用稀释的前处理方法，口腔液采用乙腈沉淀蛋白质的前处理方法，血浆采用固相萃取的前处理方法，均达到最佳效果。
比较两种前处理方法对 LC-MS/MS 测定家兔血清中淫羊藿黄酮类化合物基质效应的影响。以乙酸乙酯液－液萃取法进行样品前处理后，家兔血清中淫羊藿黄酮类化合物的绝对基质效应大于100%，提取回收率和方法过程效率均较高且稳定；以C18小柱固相萃取法进行样品前处理后，家兔血清中淫羊藿黄酮类化合物的绝对基质效应低于100%，提取回收率和方法过程效率均较低且不稳定。因此，采用乙酸乙酯液－液萃取法，适合作为样品前处理方法。
近年来，出现了许多新型的前处理方法，例如，在线前处理技术的发展，使得基质效应有了新的、更高效的解决方式。在线固相萃取(SPE)、涡流色谱技术(turbulent flow, TFC)，与传统的前处理方式相比具有速度快、回收率高、成本低的特点。这种方式在近年来文献中已有很多报道。
