超低温冰箱虽然制冷系统和控制电路都比较复杂，但常见故障主要是循环系统和电路部分故障，下面简要介绍几种常见故障及其排除办法。
1.接通电源后，总电源的空气开关自动断开
排除方法：检查第一级制冷系统的压缩机是否损坏，若损坏则会造成短路，引起电源保护。可以更换配件，若没有原厂配件，可经测算更换相当功率的冰箱压缩机，将管道焊接好，经过加压检查完管道气密性后抽真空并加入R-12氟利昂23．00z，再开机检测是否正常。
该故障一般是因为电源不稳定造成的，因为第一级先启动，故损坏通常都在第一级，这种情况下，一般只要加装延时稳压电源，就不会再出现该故障。
2.箱内温度未达到设定温度就已经停止工作
排除方法：虽然箱内未达到设定温度，但是面板显示温度却已经达到设定温度。这是由于检测温度的热敏电阻损坏，需要更换配件。若没有原厂配件，可重新安装一套温度控制系统，即可消除故障。
3．冰箱制冷效果降低，人触摸箱体金属部分有电击感觉
排除方法：用万用表测量冰箱漏电情况，采用分段法检查。在给高温级压缩机单独通电运行时，检查是否是由于该压缩机漏电引起整个箱体带电。静态检测压缩机接线柱，注意观察电动机绕组内引线插头部分，若与机壳有打火痕迹，表明该处漏电。
采用把接线柱部分连同周围一部分壳体一起更换的方法，装上机体后通电使其运转，检查有无漏电现象，等压缩机各项指标正常后，装回低温冰箱底座上，连接管道，检漏、抽空、充注适量制冷剂使冰箱恢复正常运行。
超低温冰箱的维护和保养对于延长其寿命和正常使用尤为重要，如果温度控制不准确常常导致所保存对象受损，对实验结果造成很大影响，从而影响研究工作的正常进行。
4．每月清洁一次，以保证其清洁度
用干布清除冰箱内外部和配件上的少量尘埃，如果冰箱太脏则使用中性洗涤剂，清洗后再用纯净水彻底冲洗。但不可在冰箱内部和上部冲水，否则会损坏绝缘材料并导致故障。压缩机和其他机械部分不需要使用润滑油。清洁压缩机后部的电扇务必小心。清洁完毕后进行安全检查，确保冰箱插头插好，不要虚接；确保插头没有异常热度；确保冰箱背部的电源电线和分配电线没有破裂和刻痕。
5．警报器启动报警
当遇到警报器启动报警时，通常可通过以下方面进行检查。
第一，检查电源是否有问题或插头是否被拉出插座；
第二，检查内部温度计是否超出合适的范围，在此情况下，物品置人会使冰箱升温，并触发警报器；
第三，检查是否一次性置人物品过多。
6．冰箱冷却不充分
检查蒸发器表面是否有冰霜；冰箱门是否开关过频；冰箱背部是否接触墙面；是否放人过多物品。
7．冰箱噪音过大
检查底板是否坚固；冰箱是否稳固；如不稳，调好活动螺丝以使四角稳固地支撑在底板上；是否有物件接触到冰箱背部。
如果制冷效果差，冰箱不停机，散热管不热，蒸发器有很小气流声，这些是因为慢渗漏造成制冷剂严重缺损的缘故。在实际使用过程中，还会遇到许多其他问题，这类问题的解决方法需要不断地积累经验方可排除障碍，使得超低温冰箱达到最佳的工作状态。