首先，问题建立在错误的假设上。如果流动相没了，泵的确会吸进去一些空气，但是并不会持续的让空气流经整个系统。这是因为HPLC的泵是设计成专门用来吸取液体的，空气一旦进入，泵就会失去灌注（lose prime）并停止工作。当然，在泵完全停止之前，一些气泡可能会进入柱子，但是这种情况不会一直持续下去。就算由于某种因素，柱子里面泵入了大量的空气，损坏柱子可能性也不是很大。

那么如果真的遇上这种情况，该如何处理呢？

当然是要把空气从所有通道里排出来。不过在这之前最好把柱子取下来。首先换上新的彻底脱气后的流动相，然后打开排气阀进行正常灌注 （prime the pump），对于有些型号的仪器，可能需要用注射器进行手动灌注。接下来要设定一个较高的流速（比如10 mL/min）并运行几分钟来彻底清除泵里面以及管道里面残留的空气。这一步完成之后将流速调至1mL/min 并关闭排气阀，运行直到彻底没有气泡排出。然后将流动相换成100%的甲醇或者乙腈并冲洗一会儿，这两种有机溶剂的粘度相对较低有助于清除系统管道和柱子中的空气。

第二步就是如何排出柱子中的空气。将柱子进口端连上，保留出口端不要接检测器，可以接上一段管道并用烧杯或者废液瓶收集排出来的流动相。启动泵并逐步增大流速直到柱压达到3000-4000 psi （高压能够将气泡压缩回溶液并排出柱子），持续运行10分钟左右直到没有气泡从柱子的尾端排出。检测器中可能也会有残留的气泡，但是很容易通过冲洗清除。

以上只是反相色谱柱排气的程序。对于其他类型的色谱柱，溶剂要相应的更换成兼容的。如果柱子不是硅基的，要特别注意柱子的最大允许柱压。对于由于长期储存而变干燥的色谱柱，也可以使用相同的方法使其恢复良好状态。

不过，虽然空气不会对色谱柱造成实质性的伤害，但是泵在没有流动相的状态下长时间运行可能会损坏密封垫。因为流动相还充当了活塞和密封垫之间的润滑剂，没有了流动相的润滑作用，密封垫就很容易磨损。所以一旦流动相用尽空气进入泵，除了排出空气，还要特别注意检漏。如果没有观察到明显的泄露，要注意观察泵在正常运行下的柱压是否正常和稳定，如果柱压没有问题，就说明泵是正常的。如果观察到柱压偏低或者波动，说明密封垫可能磨损，需要更换密封垫。