1、分离高质量RNA
成功的cDNA合成来自高质量的RNA。高质量的RNA应保-证全长并且不含逆转录酶的抑制剂如EDTA或SDS等，以及尽可能减少基因组DNA污染。RNA的质量决定了你能够转录到cDNA上的序列信息量的大值。

2、使用无RNaseH活性的逆转录酶
在逆转录反应中经常加入RNase抑制剂以增加cDNA合成的长度和产量。不管是M-MLV还是AMV，在本身的聚合酶活性之外，都具有内源RNaseH活性。RNaseH活性同聚合酶活性相互竞争RNA模板与DNA引物或cDNA延伸链间形成的杂合链，并降解RNA：DNA复合物中的RNA链。被RNaseH活性所降解的RNA模板不能再作为合成cDNA的有效底物，降低了cDNA合成的产量和长度。因此消除或大大降低逆转录酶的RNaseH活性将会大有裨益。