Actinobacillus　　放线杆菌属
Actinobacillus actinomycetemcomitans　伴放线菌放线杆菌
Actinomyces　　放线菌属
Actinomyces georgiae　乔格放线菌
Actinomyces gerencseria　杰锐斯放线菌
Actinomyces israelii　衣氏放线菌
Actinomyces naeslundii　内氏放线菌
Actinomyces odontolyticus　溶齿放线菌
Actinomyces viscosus　粘性放线菌
Bacteroides　　拟杆菌属
Bacteria　细菌
Bacteroides capillosus　多毛拟杆菌
Bacteroides distasonis　狄氏拟杆菌
Bacteroides forsythus　福氏拟杆菌
Bacteroides fragilis　脆弱拟杆菌
Bacteroides ovatus　卵形拟杆菌
Bacteroides thetaiotaomicron　多形拟杆菌
Bacteroides ureolyticus　解脲拟杆菌
Bacteroides vulgatus　普通拟杆菌
Bifidobacterium　　双歧杆菌属
Bifidobacterium adolesentis　青春双歧杆菌
Bifidobacterium bifidum　分叉双歧杆菌
Bifidobacterium breve　短双歧杆菌
Bifidobacterium denticola　栖牙双歧杆菌
Bifidobacterium dentum　齿双歧杆菌
Bifidobacterium eriksonii　艾氏双歧杆菌
Bifidobacterium infantis　婴儿双歧杆菌
Bifidobacterium inopinatium　殊形双歧杆菌
Bifidobacterium longum　长双歧杆菌
Branhamella　　布兰汉氏菌属
Branhamella catarrhalis　粘膜炎布兰汉氏球菌（卡他布兰汉氏菌）
Branhamella caviae　豚鼠布兰汉氏菌
Branhamella cuniculi　兔布兰汉氏菌
Campylobacter　　弯曲菌属
Campylobacter concisus　简明弯曲菌
Campylobacter curvus　曲形弯曲菌
Campylobacter gracilis　纤细弯曲菌
Campylobacter rectus　直肠弯曲菌
Campylobacter showae　昭和弯曲菌
Campylobacter sputorum　生痰弯曲菌
Campylobacter succinogenes　　产琥珀酸弯曲菌
Capnocytophaga　　二氧化碳噬纤维菌属
Capnocytophaga gingivalis　牙龈二氧化碳噬纤维菌
Capnocytophaga granulosa　颗粒二氧化碳噬纤维菌
Capnocytophaga haemolytica　溶血二氧化碳噬纤维菌
Capnocytophaga ochracea　黄褐二氧化碳噬纤维菌
Capnocytophaga sputigena　生痰二氧化碳噬纤维菌
Clostridium　　梭菌属（梭状芽胞杆菌属）
Clostridium botulinum　肉毒梭菌
Clostridium difficile　艰难梭菌（难辨梭菌）
Clostridium perfringens　产气荚膜梭菌
Clostridium tetani　破伤风梭菌
Corynebacterium　　棒杆菌属
Corynebacterium diphtheriae　白喉棒杆菌
Corynebacterium maturchotii　马氏棒杆菌
Corynebacterium ulcerans　溃疡棒杆菌
Eikenella　　艾肯菌属
Eikenella corrodens　侵蚀艾肯菌
Escherichi　　埃希菌属
Escherichia coli　大肠埃希菌（大肠杆菌）
Eubacterium　　优杆菌属（真杆菌属）
Eubacterium alactolyticum　解优杆菌
Eubacterium brachy　短优杆菌
Eubacterium lentum　迟缓优杆菌
Eubacterium minutum　小优杆菌
Eubacterium nodatum　缠结优杆菌
Eubacterium saburreum　砂优杆菌
Eubacterium saphenus　藏匿优杆菌
Eubacterium timidum　胆怯优杆菌
Eubacterium yurii　尤里优杆菌
Fusobacterium　　梭杆菌属
Fusobacterium alocis　龈沟梭杆菌
Fusobacterium nucleatum　具核梭杆菌
Fusobacterium periodonticum　牙周梭杆菌
Fusobactorium sulci　龈沟迹梭杆菌
Haemophilus　　嗜血菌属
Haemophilus aphrophilus　嗜沫嗜血菌
Haemophilus hemolyticus　溶血嗜血菌
Haemophilus influenae　副流感嗜血菌
Haemophilus parahemolyticus　副溶血嗜血菌
Haemophilus parainfluenzae　流感嗜血菌
Haemophilus paraphrophilus　副嗜沫嗜血菌
Helicobacter　　螺杆菌属
Helicobacter pylori　幽门螺杆菌
Kingella　　金氏菌属
Kingella denitrificans　反硝化金氏菌
Kingella orale　口腔金氏菌
Lactobacillus　　乳杆菌属
Lactobacillus acidophius　嗜酸乳杆菌
Lactobacillus brevis　短乳杆菌
Lactobacillus buchneri　布氏乳杆菌
Lactobacillus casei　干酪乳杆菌
Lactobacillus cellobiosas　纤维二糖乳杆菌
Lactobacillus delbrueckii　德氏乳杆菌
Lactobacillus fermentum　发酵乳杆菌
Lactobacillus oris　口乳杆菌
Lactobacillus plantarum　植物乳杆菌
Lactobacillus rimae　龈沟乳杆菌
Lactobacillus salivarius　唾液乳杆菌
Lactobacillus uli　龈乳杆菌
Leptotrichia　　纤毛菌属
Leptotrichia buccalis　颊纤毛菌
Leptotrichia dentium　齿纤毛菌
Micrococcus　　微球菌属
Mitsuokella　　光岗菌属
Mitsuokella dentalis　齿光岗菌
Mycobacterium　　分枝杆菌属
Mycobacterium bovis　牛分枝杆菌
Mycobacterium leprae　麻风分枝杆菌
Mycobacterium tuberculosis　结核分枝杆菌
Neisseria　　奈瑟菌属
Neisseria flava　黄奈瑟菌
Neisseria gonorrhoeae　淋病奈瑟菌
Neisseria meningitidis　脑膜炎奈瑟菌
Neisseria mucosa　粘液奈瑟菌
Neisseria sicca　干燥奈瑟菌
Neisseria subflava　微黄奈瑟菌
Peptostreptococcus　消化链球菌属
Peptostreptococcus anaerobius　厌氧消化链球菌
Peptostreptococcus asaccharolyticus　不解糖消化链球菌
Peptostreptococcus lanceolatus　矛形消化链球菌
Peptostreptococcus magnus　大消化链球菌
Peptostreptococcus micros　微小消化链球菌
Peptostreptococcus parvalus　小消化链球菌
Peptostreptococcus prevotii　普氏消化链球菌
Peptostreptococcus productus　产生消化链球菌
Peptostreptococcus taetradius　四联消化链球菌
Porphyromonas　　卟啉单胞菌属
Porphyromonas asaccharolytica　不解糖卟啉单胞菌
Porphyromonas circumdentaria　齿周卟啉单胞菌
Porphyromonas endodontalis　牙髓卟啉单胞菌
Porphyromonas gingivalis　牙龈卟啉单胞菌
Porphyromonas levii　利氏卟啉单胞菌
Porphyromonas salivosa　唾液卟啉单胞菌
Prevotella　　普氏菌属
Prevotella bivia　二路普氏菌
Prevotella buccae　颊普氏菌
Prevotella buccalis　口颊普氏菌
Prevotella corporis　人体普氏菌
Prevotella denticola　栖牙普氏菌
Prevotella heparinolytica　解肝素普氏菌
Prevotella intermedia　中间普氏菌
Prevotella loescheii　洛氏普氏菌
Prevotella melaninogenica　产黑普氏菌
Prevotella nigrescens　变黑普氏菌
Prevotella oralis　口腔普氏菌
Prevotella oris口普氏菌
Prevotella oulorum　龈炎普氏菌
Prevotella veroralis　真口普氏菌
Prevotella zoogleoformans　动胶普氏菌
Propionibacterium　　丙酸杆菌属
Propionibacterium acnes　疮疱丙酸杆菌
Propionibacterium avidum　贪婪丙酸杆菌
Propionibacterium freudenreichii　费氏丙酸杆菌
Propionibacterium granulosum　颗粒丙酸状菌
Propionibacterium jensenii　詹氏丙酸杆菌
Propionibacterium propionicum　丙酸丙酸杆菌
Proteus　　变形杆菌属
Proteus mirabilis　奇异变形杆菌
Proteus vulgaris　普通变形杆菌
Rothia　　罗氏菌属
Rothia dentocariosa　龋齿罗氏菌
Selenomonas　　新月形单胞菌属
Selenomonas artemidis　蛛形新月形单胞菌
Selenomonas dianae　月神新月形单胞菌
Selenomonas flueggei　福氏新月形单胞菌
Selenomonas infelix　损伤新月形单胞菌
Selenomonas noxia　有害新月形单胞菌
Selenomonas sputigena　生痰新月形单胞菌
Staphylococcus　　葡萄球菌属
Staphylococcus aureus　金黄色葡萄球菌
Staphylococcus capitis　头葡萄球菌
Staphylococcus epidermidis　表皮葡萄球菌
Staphylococcus saccharolyticus　解糖葡萄球菌
Staphylococcus salivarius　唾液葡萄球菌
Staphylococcus saprophyticus　腐生葡萄球菌
Staphylococcus schleiferi　施氏葡萄球菌
Stomatoccus　　口腔球菌属
Stomatoccus mucilaginosus　粘滑口腔球菌
Streptococcus　　链球菌属
Intermedius streptococci　　中间链球菌群
Streptococcus anginosus　咽峡炎链球菌
Streptococcus constellatus　星群链球菌
Streptococcus intermedius　中间链球菌
Mutans streptococci　　变形链球菌群
Streptococcus cricetus　仓鼠链球菌
Streptococcus downei　汗毛链球菌
Streptococcus ferus　野鼠链球菌
Streptococcus macacae　猕猴链环菌
Streptococcus mutans　变形链球菌
Streptococcus rattus　大鼠链球菌
Streptococcus sobrinus　远缘链球菌
Oralis streptococci　　口腔链球菌群
Streptococcus crista　嵴链球菌
Streptococcus gordonii　格登链球菌
Streptococcus mitis　轻链球菌
Streptococcus oralis　口腔链球菌
Streptococcus parasanguis　副血链球菌
Streptococcus sanguis　血链球菌
Pyogenic hemolytic streptococci　　化脓性溶血性链球菌群
Streptococcus pneumoniae　肺炎链球菌
Streptococcus pyogenes　酿脓链球菌
Salivarius streptococci　　唾液链球菌群
Streptococcus salivarius　唾液链球菌
Streptococcus vestibularis　前庭链球菌
Treponemas　　密螺旋体属
Treponemas denticola　栖牙密螺旋体
Treponemas maltophilum　嗜麦芽糖密螺旋体
Treponemas medium　中间密螺旋体
Treponemas pallidum　苍白密螺旋体
Treponemas pectinovorum　食果胶密螺旋体
Treponemas phagedenis　溃蚀齿密螺旋体
Treponemas socranskii　索氏密螺旋体
Treponemas scaliodontium　曲齿密螺旋体
Treponemas vicentii　文森密螺旋体
Veillonella韦荣菌属
Veillonella alcalescens　产碱韦荣菌
Veillonella atypica　非典型韦荣菌
Veillonella dispar　殊异韦荣菌
Veillonella parvula　小韦荣菌
Veillonella ratti　大鼠韦荣菌
Vibrios　　弧菌属
Vibrios cholera　霍乱弧菌
Vibrios parahaemolyticus　副溶血霍乱弧菌
Wolinella　　沃廉菌属
Wolinella succinogenes　产琥珀酸沃廉菌
Fungi　真菌
Candida　　念珠菌属
Candida albicans　白色念珠菌
Candida krusei　克柔念珠菌
Candida pseudotropicalis　伪热带念珠菌
Candida stellatoidea　类星形念珠菌
Candida tropicalis　热带念珠菌
Cryptococcus　　隐球菌属
Cryptococcus neoformans　新型隐球菌
Yeasts　　酵母菌
Virus　病毒
ademovirus　腺病毒
cytomegalovirus（CMV）　巨细胞病毒
Epstein-Barr virus（EBV）　EB病毒
herpes simplex virus（HSV）　单纯疱疹病毒
herpesvirus　疱疹病毒
human immunodeficiency virus（HIV）　人类免疫缺陷病毒
human papillomavirus　人类乳头瘤病毒
influenze virus　流行性感冒病毒
measles virus　麻疹病毒
mumps virus　流行性腮腺炎病毒
parainfluenza virus　副流感病毒
varicella-zoster virus（VZV）　水痘-带状疱疹病毒
Chlamydiae　衣原体
Chlalmydia pneumoniae　肺炎衣原体
Chlalmydia psittaci　鹦鹉衣原体
Mycoplasmas　枝原体
Mycoplasmas hominis　人型枝原体
Mycoplasmas orale　口腔枝原体
Mycoplasma pneumoniae　肺炎枝原体
Mycoplasma salivarium　唾液枝原体
Ureaplasma urealyticum　解脲脲原体
Rickettsia　立克次体
Coxiella　　柯克斯体属
Rickettsia　　立克次体属