首先要保持生产车间的内部工具的清洁和卫生，注意对一些卫生死角进行严格的卫生清理和保持（每半月实施一次深度清洁）：如操作案面的背面，天花板、墙壁、制冷风机的卫生清理，清理卫生后所有的墙壁、天棚、设备、器具、案面表面要用酒精擦两遍以上，尤其注意清理制冷风机的散热片和冷气的出风口以及内部电机叶片，这是一个很容易忽视的角落。

对生产车间霉菌有控制，首先必须控制车间的温度和湿度，温度在24度以下，湿度在55％以下，因为过高的温湿度会促进霉菌的生长。

晚上工人下班后采用臭氧或紫外线对空气消毒，防止空气中滋生细菌累加到白天造成对产品不利，因为一个细菌在24小时内会繁殖成百上千甚至上百万细菌。

每天班前、班后对车间内部墙壁、风机、下水道、案面、手部、预冷库和库门、速冻库门、包装室、工器具消毒间使用75%的酒精喷洒消毒，班中每2小时对风机、墙壁、下水道实施75%的酒精喷洒，杀灭霉菌。

人员的工作服、更衣室等，必须保持卫生清洁，定期清洗和进行紫外线或臭氧杀菌30分钟以上，防止人为造成霉菌的交叉污染（不可在有人的情况下杀菌）。

保证车间风机的正常运转，保证车间内部空气能够达到要求指标，空调的换气程度好坏直接影响到霉菌的产生。如果车间能保证及时将含有大量水份的空气排出车间，则极大程度缩小了可能存在霉菌的可能性。若有条件的厂家，建议在新回风管道内安装动态杀菌装置，防止管道内壁、过滤器及空调表冷器滋生细菌，形成卫生隐患。