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电穿孔法常用来转染如植物原生质体这样的常规方法不容易转染的细胞。电穿孔靠脉冲电流在细胞膜上打孔而将核酸导入细胞内。导入的效率与脉冲的强度和持续时间有关系，基因枪依靠携带了核酸的高速粒子而将核酸导入细胞内，这种方法适用于培养的细胞核在体的细胞.
DEAE葡聚糖是最早应用哺乳动物细胞（小鼠细胞、大鼠细胞各类传代细胞等）转染试剂之一，DEAE-葡聚糖是阳离子多聚物，它与带负电的核酸结合后接近细胞膜而被摄取，用DEAE-葡聚糖转染成功地用用于瞬时表达的研究，但用于稳定转染却不是十分可靠。
磷酸钙共沉淀法因为试剂易取得、价格便宜而被广泛用于瞬时转染和稳定转染的研究，先将DNA和CaCl2混合，然后加入到PBS中慢慢形成DNA磷酸钙沉淀，最后把含有沉淀的混悬液加到培养的细胞上，通过细胞胞膜的内吞作用摄入DNA。磷酸钙似乎还通过抑制血清中和细胞内的核酸酶活性而保护外源DNA免受降解.
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磷酸钙法 稳转，瞬转 不适用于原代细胞，操作简便但重复性差，有些细胞不适用；
阳离子脂质体法 稳转，瞬转所有细胞 适用性广，转染效率高，重复性好，但转染时需除血清。转染效果随细胞类型变化大；
电穿孔法 稳转，瞬转所有细胞 适用性广但细胞致死率高，DNA和细胞用量大；
DEAE-右旋糖苷法 瞬转 相对简便、结果可重复，但对细胞有一定的毒副作用，转染时需除血清；
病毒介导法 稳转 可用于难转染的细胞、原代细胞，体内细胞等；
腺病毒 瞬时转染特定宿主 可用于难转染的细胞需考虑安全因素；
Biolistic颗粒传递法瞬转 可用于人的表皮细胞，纤维原细胞，淋巴细胞系以及原代细胞；
显微注射法 稳转，瞬转 转染细胞数有限，多用于工程改造或转基因动物的胚胎细胞。
