管理体系明确规定了实验室内部各要素运行的基本规则，揭示了实验室管理运行的内在规律，是实验室建立秩序和稳定运行的基础，按照管理体系规范运行，实验室可塑造机构公信力和影响力，树立良好的品牌形象，提升自身适应市场的能力，形成别人无法复制的核心竞争力。但在管理体系运行实践中，有些实验室存在三个误区，需要保持清醒认识并予以克服。

一是管理体系规范运行是整个实验室经营管理的一部分，不是经营管理的全部。管理体系规范运行目的是确保检验检测活动的质量，是经营管理的基础，并不能够直接促成机构自然而然的成长与发展。机构要想实现成长与发展，仍需要做好市场营销、打造管理和技术队伍、良好的决策和适宜的企业文化，还在于经营管理，不能用管理体系运行代替经营管理。按管理体系规范运行不一定能够获得成功，但没有管理体系的规范运行成功的可能性几乎为零。一个有远见有追求有定力的实验室，应是建立在管理体系规范运行基础上的良好的经营管理。

二是实验室建立了管理体系，但需要管理层持续推动其实施和保持。按照管理体系运行，可实现实验室制度化和标准化管理。但再好的管理体系也不会自动去运行，需要实验室管理层带领所有员工予以实施与保持，管理体系文件有了，还需要采取有效的管理和控制手段，不断纠正运行中的问题，使大家能够自觉按管理体系工作，不能忽视了管理层该做的管理和控制工作。实施管理体系是一个持续改进的过程，需要数年的打磨才能逐步稳定成熟。管理体系文件是编写出来的，但管理体系运行必然是摔打出来的。

三是实施和保持管理体系需要人力、物力和信息的持续投入。管理体系运行能力的保持是实验室管理运行中的一个难点，管理体系运行并不是一次性投入就可万事大吉，由于实验室内外部因素的变化、工作量和工作类型的变化等影响，会导致管理体系运行有效性下降，有时会因为一个关键岗位人员的流失导致管理运行要素较大面积的失效。实验室要保持稳定的运行，需要持续投入相应的资源，不仅需要硬件方面的投入，也需要软件方面的投入；不仅需要技术方面的投入，同样需要管理方面的投入。投入的程度应使本机构始终保持管理和技术的平衡性和协调性，确保管理体系运行要素的完整性。