1、秸秆的选择用作微贮饲料的农作物秸秆，应以当年采取的为主，上年的如果未发霉也可适当利用。因特别注意的是，秸秆必须是牲畜能吃的无毒秸秆。
    2、秸秆粉碎用作微贮饲料的农作物秸秆，收割后必须晒干贮藏，无霉变。微贮发酵前，所有的原料必须粉碎，其粉碎程度因饲养的畜禽种类而不同。
    3、混合发酵菌剂与秸秆粉的比例为250克菌剂发酵1000千克秸秆，但由于有的农户饲养规模较小，为避免发酵后的饲料因长时间堆放而发霉不能饲喂，大多采取一次发酵100千克的量或在3天内能喂完的量发酵为最好。发酵菌剂投放量也不按秸秆比例缩减，应增加1～2倍。例如发酵100千克秸秆，菌剂投放不是25克，应为50克以上。具体操作方法是：发酵100千克秸秆粉，取50克左右发酵菌剂与1千克麸皮或玉米粉混匀，放入5～10千克清水搅拌均匀，放置30分钟以上，使其充分溶解。秸秆粉用清水泼洒混合均匀，一般用水量是秸秆粉干重的30%～50%。然后再将发酵菌剂水均匀洒上，混拌均匀。有条件的还可以加入0.5～0.8千克食盐和1千克生石灰（也溶解在5千克水中洒在秸秆粉上），混合好的秸秆粉用手捏时不滴水为宜，过干或过混都不利于菌体生长。
    4、堆贮发酵菌体的生长繁殖气温、空气湿度影响较大，气温低于15℃时菌体即处于休眠状态。因此发酵地点最好选择温度稍高的地方和室内，尤其是冬天。选择平整的水泥地面或砖石地面，先铺一层薄膜在地面上，再将混合好的原料放在薄膜上堆成圆锥状或馒头状，为防止水分蒸发和热量散失，可在原料堆表面覆盖塑料薄膜和干净的麻袋，用砖头将原料堆的边缘薄膜压实。在微贮料中间温度达到30～35℃并发出醇香味时进行内外翻堆后继续发酵，夏季2～4天，冬季3～7天即可。发酵好的合格微贮饲料色泽呈褐色或深褐色，具有弱酸味和醇香味，手感柔软、松散。如看到少量红、黄、绿、黑等颜色，手感发粘或结块，为污染霉变的饲料，必须及时除去，不能饲喂。微贮饲料发酵好后，将覆盖物揭开，摊开散热，冷却后即可饲喂。
    5、保存发酵好的饲料可晾干装袋保存，也可以制作成商品饲料出售，使用时可提前1天加湿，第二天仍有醇香味出现和良好的适口性。