一、引起双重感染。正常动物机体的消化道、呼吸道及生殖泌尿系统内寄生着多种细菌，这些细菌之间相互制约，维持平衡共生状态。如果长期或大量乱用抗生素，会使敏感的细菌生长繁殖受到抑制，而不敏感的细菌大量繁衍，产生新的感染，即双重感染。这种感染多是由于滥用广谱抗生素药而引起的，而且治疗比较困难。

二、产生毒性反应。抗生素应用剂量过大可引起畜禽神经肌肉冲动传导阻滞，诱发呼吸肌肉麻痹，呼吸抑制，肢体瘫痪，甚至死亡。

三、引起人的中毒或过敏。长期或大量应用抗生素，可使畜禽肉、奶等可食产品中残留大量抗生素，人吃后会引起中毒或过敏。