药物预防通常选用一些安全、有效且价廉的药物。如每隔15～20天给犬连饮3天0.1％高锰酸钾水或0.2％土霉素水有良好的疾病防治作用；在钩端螺旋体病流行季节，给饲料中加入土霉素(0.75～1.5克/千克)或按1～1.5克/千克体重喂服四环素，连用7天，可控制犬感染本病；内服磺胺类药物、大蒜或大蒜酊等可防治犬副伤寒、大肠杆菌病等；内服促菌生，应用杆菌肽等饲料添加剂，可预防胃肠炎等消化道疾病，并有刺激或促进犬生长的作用；在蚊蝇出现前1个月至出现后2个月内，每天喂食海群生(6.6毫克/千克体重)，配合每月1次口服伊维菌素(6微克/千克体重)和杀螨菌素，可抑制心丝虫幼虫的发育，防止虫体到达心脏而发病等。

但应注意：若长期不间断用药易使病原体产生耐药性，从而影响预防效果，如有发病者使用同类药物治疗效果也差；还可能因使体内正常菌群紊乱和药物蓄积等而诱发维生素缺乏症、慢性中毒等一些不易诊治的疾病。因此，预防用药应注意药物的选择和用量，反对将药物作为饲料添加剂长期不间断地使用。在肉犬出栏屠宰前一段时期，应尽可能减少用药或不用药物，以免药物残留而影响肉品质量和危害人体健康。