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第一，公兔整日追逐母兔交配，体力消耗过大，配种次数过多，精液质量低劣，受胎率和产仔率低，公兔易衰老，配种头数少，利用年限短，不能发挥优良种公兔的作用。
第二，无法进行选种选配，极易造成近亲繁殖，品种退化，所产仔兔的体质不佳，兔群品质下降。
第三，公兔与公兔之间容易因争夺一只发情母兔而咬伤，影响配种的正常进行，严重者会失去配种能力。
第四，未达到配种年龄，身体尚未发育成熟的幼兔，过早配种妊娠，不但影响自身的生长发育，而且胎儿发育不良。若老年公、母兔交配，所生仔兔体质弱，抵抗力差，还容易造成胚胎死亡或早期流产，即使能正常分娩，所生仔兔的成活率也较低。
第五、容易传播疾病。自然配种的公、母兔容易相互传播疾病，因而家兔自然配种法应尽量少用，甚至弃而不用。
