一是支原体侵害鸡的呼吸道上皮黏膜细胞，其他病原如马立克、禽流感病毒等可直接侵入鸡呼吸道内进行繁殖，当机体抵抗力下降时（抗体效价接近临界值后）鸡即开始发病。

二是支原体感染后破坏了呼吸道的上皮黏膜组织，环境中的大肠杆菌会经过气囊和血液循环逐渐发展到全身，造成大肠杆菌病的暴发。所以一旦发生支原体感染同时会继发大肠杆菌病，应加强圈舍的清洁卫生。

三是雏鸡早期免疫，呼吸道免疫由于免疫受体是呼吸道上皮细胞，感染支原体后呼吸道黏膜的完整性就会遭到破坏，首免的免疫效果较差，加上基础免疫效价本来就很低，抵抗不了病毒的入侵，易造成免疫失败，即出现多种疾病的混合感染。

四是鸡群潜在的免疫抑制病也是加重呼吸道系统病的一个重要因素，如马立克氏病、淋巴白血病、传染性法氏囊病等，另外，传染性法氏囊病本身就是免疫器官病，受到侵害或由于过早使用强毒株疫苗，破坏了法氏囊的免疫功能后，使其他免疫也受到了抑制，提高了呼吸系统疾病的发病率。

五是在免疫活疫苗后，由于免疫本身就是模拟疾病轻微的发病过程，所以会带来或高或低的免疫反应。如商品肉鸡一般在14日龄时接种传染性法氏囊病疫苗，免疫后会出现轻微的传染性法氏囊病的症状和呼吸道症状，蛋鸡在小日龄过早接种传染性喉气管疫苗后，就会引发传染性喉气管炎的发生，所以疫苗本身就可以增加呼吸道病的病情。