小麦根腐病易防难治，应以预防为主，发现病株后及时用药治疗。可以在发病初期，选用烯唑醇、丙环唑、三唑酮、多菌灵、甲基硫菌灵等药喷雾防治。喷药应喷匀、喷透，使药液充分浸透根、茎。播前选用三唑类杀菌剂拌种，是预防该病的最有效措施。

纹枯病和全蚀病也会使小麦茎基部腐烂，叶片发黄。将病苗拔起，仔细检查麦苗发病部位及根系，可以区分这几种病害。小麦纹枯病主要发生在叶鞘及茎秆上，初期在近地面的叶鞘上产生褐色梭形病斑，中央淡褐色或灰白色，以后逐渐扩大并扩展至茎秆上，颜色变深，重病株茎基部１～２节变黑甚至腐烂，常出现早期死亡。纹枯病病株茎和叶鞘基部通常受到破坏，手拔病苗常将麦苗基部拔断而不能将根拔起。小麦发生全蚀病后，根部和茎基部１～２节变黑，植井冈霉素及株矮小，叶片自下而上逐渐发黄，输导组织逐渐坏死，生长受阻、发育不良，抽穗后田间出现成簇白穗或连片白穗。“黑脚”和白穗是该病的典型症状。全蚀病病株根系受到破坏，通常轻轻一拔就起，除粗根还残留一部分外，其余根都会被拔断。

对小麦纹枯病，可以在发病初期喷施烯唑醇、丙环唑、戊唑醇、己唑醇等三唑类药防治。小麦发生全蚀病后也可以用三唑类药喷雾防治，但防治效果不理想。全蚀病主要应在播前用苯醚甲环唑、戊唑醇、腈菌·戊唑醇、硅噻菌胺等药拌种预防。