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秸秆生物反应堆分为：内置式、外置式和内外结合式三种，生产实践中多数种植户适宜采用内置式配套植物疫苗技术，方法如下：
一、内置式反应堆建造时间。3月上旬至4月中旬。
二、内置式反应堆建造方法。在树行下，从树干两边分别起土至树冠外缘下方。靠近树干处起土深度10厘米，越往外越深，到树冠外缘下方深度为20厘米，以露出毛细根为宜，注意尽量不要伤大根。将所起土分放在四周，形成埂畦式造型。在畦内按行距30厘米，穴距25厘米刨穴，穴深8-10厘米，在每穴中撒接一小把处理好的植物疫苗，并在表面均匀撒一层。最后，围绕树干根基部撒接一圈。然后在畦内铺放秸秆，厚度为30厘米。填完秸秆后，可在秸秆上撒施150-200千克蓖麻饼、棉子饼等饼肥，再将处理好的菌种，按每棵的用量均匀撒在秸秆上面。撒完菌种后，用锨轻轻拍振一遍，接着覆土，厚度8-10厘米。反应堆全部建完后浇一次大水，湿透秸秆，晾晒3天后，盖地膜，在膜上用14号钢筋按行距30厘米，孔距20厘米打孔，孔深以穿透秸秆层为准。果树内置反应堆一般每亩需秸秆4000-5000千克，菌种8-10千克，疫苗4-5千克。
三、菌种和植物疫苗的处理
1、菌种处理：菌种可现拌现用，也可当天晚上拌好第2天用。具体方法，是1千克菌种加20千克麦麸，1千克麦麸加0.8千克水，先把菌种和麦麸干着拌匀再倒水，以拌好后用手一攥手指缝出水为宜，然后摊成10厘米厚，用纱网遮盖防苍蝇。
2、植物疫苗处理：方法与拌菌种相同。为了能均匀接种疫苗，最好每亩地用100-150千克草粉，将草粉加水拌匀，以用手一攥手指缝滴水为度，然后与拌好的疫苗拌匀，堆成堆，温度达到55℃时翻堆2次。最后平摊于背阴处，厚度10厘米左右，用纱网遮盖防苍蝇，处理5-7天待用。
四、注意事项。要做到“三足”、“一露”、“四不宜”。三足：秸秆用量要足；菌种用量要足；第一次浇水要足，以湿透秸秆为宜。一露：内置沟两头秸秆要露出茬头10厘米。四不宜：沟不宜挖成深条沟；开沟不宜过深，以20厘米为宜；覆土不宜过厚，以10-15厘米为宜；打孔不宜过晚，浇水4天后及时打孔。
