常见的霉菌有绿色木霉、青霉、毛霉、曲霉和链孢霉。草菇的整个栽培过程都会发生霉菌危害，后期比前期多。其防治措施如下：

一是木霉在4℃~42℃都能生长，孢子萌发喜高湿环境，侵害草菇培养基时，初期白色棉絮状，后期变为绿色，菌种如果被木霉危害，必须报废，即使轻度感病的菌种也应弃之不用。对木霉至今没有理想的根治性药物，常用的杀菌药对木霉只是抑制，而不是杀死，加大药量，只能同时杀死木霉和草菇菌丝。因此，创造适合草菇菌丝生长而不利于木霉繁殖的生态环境，是控制危害的根本措施。一旦发生木霉危害，要立即通风降温，以抑制木霉的扩展，处于发菌阶段的培养料感病以后，可采用注射药液的方法抑制木霉扩张。常用药液：5%的石碳酸、2%的甲醛、50%多菌灵200倍液、75%甲基托布津、pH值为10的石灰水。此外，往污染处撒白灰面，防治效果也很好。

二是链孢霉生长初期呈绒毛状，白色或灰色，生长后期呈粉红色、黄色。大量分生孢子堆集成团时，外观与猴头菌子实体相似，链孢霉主要以分生孢子传播危害，是高温季节最易发生的杂菌。链孢霉菌丝顽强有力，有快速繁殖的特性，一旦大发生，便是灭顶之灾，其后果是菌种、培养袋或培养块成批报废。链孢霉的药物防治可参照木霉的防治。菌袋生产时，如果发现链孢霉，在分生孢子团上滴上柴油，可防止链孢霉的扩散。菌袋发菌后期受害，一般不要轻易报废，可将受害菌袋埋入深30~40厘米透气性差的土壤中，经10~20天缺氧处理，可有效减轻病害，菌袋仍可出菇。

三是毛霉，又叫黑霉、长毛霉。菌丝初期白色，后灰白色至黑色，说明孢子囊大量成熟，该菌在土壤、粪便、禾草及空气中到处存在。在温度较高、湿度大、通风不良的条件下发生率高。发生的主要原因是基质中使用了霉变的原料，接种环境含毛霉孢子多，在闷湿环境中进行菌丝培养等。防治方法同木霉。