施肥量及施肥时期确定后，必须有合理的施肥方法，应注意有机肥和无机肥、三要素的配合施用。施于深层(中层)或集中施于根际，以充分利用肥料资源，避免肥料损失，提高肥效，降低成本。
具体施用方法，因品种，茬口及地区间气候，土壤的差异，对产量构成因素的主攻方向不同而不同，兹将三省常用的施肥法简介于后。
  1．前促施肥法 在施足底肥的基础上，早施、重施分蘖肥，使稻田在水稻生长前期有丰富的速效养分，特别是氮肥，以促进分蘖的早生快发，确保增蘖多穗。一般底肥用量占总用量的70％(氮肥用量占总氮量的60～80％)，其余30％的肥料在移栽返青后全部施下。此法是云南省目前普遍采用的高产施肥法，因该省水稻生长期间降雨集中，肥料易流失。常出现低温少照，影响水稻对养分的吸收利用。重施底肥又以农家肥为主，肥效稳长，结合早施蘖肥，使水稻平稳生长，提高有效分蘖率，并使水稻又能在幼穗分化前将施下的肥料大部分吸收利用，有利碳氮代谢转换，不致延长营养生长期，避免抽穗扬花期遇低温冷害和贪青晚熟。在四川，贵州主要用于生育期短的品种或施肥水平不高及前期温度较低、肥效发挥较慢的地区和稻田，以及双季早稻田。
  2．前促，中控，后补法 即在施足底肥的基础上，早施蘖肥确保一定穗数，当分蘖达到一定数量后，通过晒田抑制对氮素的吸收，从而抑制无效分蘖，避免过早封行，争取壮秆大穗，如复水后有脱肥现象，可酌施穗肥和粒肥，有利稳库增源。这是四川、贵州一季中稻，特别是早中熟杂交稻目前采用的主要高产施肥法。云南省的麦后稻田，因供氮规律呈平稳上升状态，供氮高峰一般出现在孕穗抽穗阶段，且不如豆田明显，故也多采用此法。
  3.前稳、中促，后保法 在适量施用基肥、蘖肥达到前稳的基础上，增加穗肥主要是“促花肥”，再看苗补施“保花肥”，在保证足够穗数基础上主攻大穗、粒重。在云南海拔1600～1800米，年均温15.7℃，水稻生育期间月平均20℃多一点的地区，特别是前作蚕豆的稻田采用此法，不仅单产高达600于克，且叶稻瘟发病率降低。在四川、贵州此法适用于生育期较长的品种或温暖地区及沙泥田中的中熟中稻，以及密度大和肥料不足的稻田。
  4．底肥“一道清”的施肥法 即是将全部肥料于整田时一次施下使土肥充分混合的全层施肥法。适用于粘土，重壤土等保肥力较强的稻田，并且要肥源充足。据多年多点大面积试验示范结果，比底肥加蘖肥和底肥加穗肥的稻株吸氮率增加，分蘖快，成穗多，长相好，行间透光率高，增产3.6～17.9％。
  上述几种施肥方法，各有其适宜条件。但从水稻生育特点和对肥料的需求考虑，以分期分段施用更有利全面改善各产量构成因素，协调穗、粒矛盾，使“源”、“库”、“流”都充分发展。
此外，在考虑施肥方法时还要注意采用行之有效的措施，如深层施肥、蘸秧根、塞秧窝，球肥深施、叶面施肥等都是能减少肥料流失，提高肥料利用率的经济施肥法。