枯黄萎病被称为棉花癌症，发病后很难治愈，减产严重。棉花枯萎病主要发生在生长前期，有两个危害高峰期，一是棉花3叶期后（5月下旬），二是棉花蕾期（6月中下旬）。棉花黄萎病发病较晚，危害高峰期在8月中旬。这两种病害有时混合发生，危害严重。枯黄萎病发病越早，棉花减产越严重，应及早采取综合措施预防。

预防棉花枯黄萎病，除选用抗病品种外，采取以下措施也有一定的效果。增施有机肥或秸秆还田、配方施肥、增施磷钾肥，以培肥地力，提高植株抗病能力。精耕细作，及时中耕松土，以提高地温，降低发病株率。喷施惠满丰、鱼蛋白、天达2116等营养调节剂也有一定的预防效果。从苗期开始结合防治害虫喷施叶面肥，将生长调节剂与叶面肥混合喷施效果更好。在发病前和发病初期喷施防治棉花枯黄萎病的药剂，适用药有克枯灵27%敌磺·甲霜可湿性粉剂、丙环唑、甲基硫菌灵、多菌灵等。