生物杀虫剂杀虫机理有别于化学农药，一般要经过侵染寄生、积蓄繁殖、起效胃毒等环节才能发挥作用。在施用时，要抓住卵孵化盛期或幼虫低龄期用药。既能使药剂浸入虫卵或附在卵壳上，待幼虫孵化时染病而死，又能保证害虫取食后死亡。

另外，生物杀虫剂多具有“活性”，施药环境和使用方法的正确与否都是其发挥良好防效的关键。如施用苏云金杆杀虫剂时，一般宜选择暖湿天气的傍晚或阴天施药，并严禁与杀菌剂、碱性农药同期或复配使用。不宜久置搁放、应现配现用，以免降低药效。