近几午，我国主要农产品（包括粮、果、菜、肉、蛋、奶等）均有农药、重金属和亚硝酸盐等有害物质残留污染超标现象。这种现象不仅增加农业生产成本、降低农业生产效益、严重污染和破坏生态环境，而且严重损害了消费者的合法权益、威胁消费者的生命安全，以至干严重损害了我国农产品的国际信誉，直接影响我国优势农产品的出口贸易，制约着外向型农业的发展。
对此，中国政府就滥施农药和化肥污染主要农产品、危害人民健康和影响农产品出口等问题给予了高度的重视。《中共中央、国务院关于做好2001年农业和农村经济工作的意见》中明确提出，要大力推进无公害农产品生产安全体系建设；特别是2000年12月11日，温家宝副总理在“治理‘菜篮子’污染刻不容缓”信息上明确批示，要求采取多种措施，积极发展无公害农业，防止农产品污染。
近几年，对农产品污染的调查表明、我国农产品化学污染超标率已相当高、且分布普遍。我国农业环保系统及一些地方政府开始推行安全食用农产品、无公害农产品、无污染农产品或生态食品等认证。
在这种背景下，农业部于2001年启动了“无公言食品行动计划”，旨在解决人民群众关心的食品安全问题、并在北京、天津、上海三个直辖市和深圳市先行试点。该计划以全面提高农产品质量安全水平为核心，以“菜篮子”产品为突破口，以市场准入为切入点，从产地和市场两个环节入手，通过对农产品实行“从农田到餐桌”全过程质量安全控制，防止污染物进入食物链危害人体健康。
广义地说无公害食品应该包括绿色食品和有机食品。狭义的无公害食品指经过有关部门认证，满足人们日常食用安全的农产品，不包括绿色食品和有机食品。无公害食品或无公害农产品的说法初步被社会认同，无公害食品实际上就是无公害农产品，包括各省市根据自身实际内政府推动所发展起来的“安全食用农产品”、“放心菜”、“放心肉”、“无污染农产品”等。到2002年底，全国已有28个省（区、市）政府发行了《无公害农产品管理办法》或相关法规。
为统一今国无公害农产品标志、无公害农产品产地认定及产品认证程序，农业部和国家认证认可监督管理委员会2002年4月29日联合发布第12号令——《无公害农产品管理办法》，国家认证认可监督管理委员会2002年11月25日以公告形式发布了《无公害农产品标志管理办法》。根据《无公害农产品管理办法》和《无公害农产品标志管理办法》，农业部和国家认证认可监督管理委员会共同制定了《无公害农产品产地认定程序》和《无公害农产品认证程序》，2003年4月7日发布执行。
农业部于2003年4月正式推出了无公害农产品国家认证。实施无公害农产品认证的产品范围出农业部、国家认证认可监督管理委员会共同确定、调整。无公害农产品是人们对食品安全最基本的需要，是最基本的市场准人条件。国家适时推行强制性无公害农产品认证制度。农业部农产品质量安全中心具体负责全国无公害农产品认证工作。无公害农产品的特点是产品标准以食品卫生标准为基础，通过控制农业禁用品的使用，使生产出的农产品达到基本安全性要求。
无公害食品标准主要包括尤公害食品行业标准和农产品安全质量国家标准，两者同时颁布。无公害食品标准由农业部制定，是无公害食品认证的主要依据；农产品质量安全国家标准出国家质量监督检验检疫总局制定。无公害农产品行业标准主要参考绿色食品标准的框架而制定，它以全程质量控制为核心，主要包括产地环境质量标准、生产技术标准和产品质量标准三个方面。2001年农业部制定发布了73项无公害农产品标准，2002年农业部又制定了126项、修订了11项无公害农产品标准。标准涉及70个农产品品种，大多数为蔬菜水果、茶叶、肉、蛋、奶、鱼等关系城乡居民日常生活的“菜篮子”产品。