一般人们认为ISO9000与HACCP是不同的,但实际上两者有许多共同之处,共同点在于:
——均需要全体员工参与
——两者均结构严谨,重点明确
——目的均是使消费者(用户)信任
不同点在于：
——HACCP是食品安全控制统
——ISO9000是适用于所有工业整体质量控制体系
——ISO9000是企业质量保证体系；而HACCP源于企业内部对某一产品安全性控制要求的体系,HACCP其原理为危害预防，而非针对最终产品检验,一般被较大型食品企业采用,一般企业也采用相近的控制系统生产高品质产品。
HACCP是用于分析和测定关键控制点的一项专门技术,它不是一个死板的体系,必需根据产品的生产加工及设备等因素相应制定。
HACCP是一个动态的、详细的体系，不是一个纸面上的东西。HACCP需要与其它质量管理措施及卫生规范的支持，如供应商质量保证，统计质量控制及良好实验室操作规范等。这些均与ISO9000原理相连，使企业向全面质量管理方面发展。
目前，在我国范围内比较广、影响比较大的涉及食品质量安全的概念主要有绿色食品、无公害食品（无公害农产品）和有机食品。这三者相互关联、又存在差别。下面从历史背景、法律及标推、组织和运行、市场定位及格局四个方面对比分析，概括总结三者之间的关系。
食品质量安全工作得到了党中央和国务院的高度重视，2001年11月中央经济工作会议上提出了“要把食品质量、卫生和安全工作放到十分突出的位置，大力发展绿色食品、无公害食品和有机食品”的要求，2002年7月国务院召开的全国“菜篮子”工作会议广，明确提出当前和今后一个时期，“菜篮子”工作的主要任务，是要以提高质量、卫生水平为核心，以保障长期稳定供给为目标，努力实现由注重数量、保证供给向更加注重质量、保证卫生和安全转变，由注重阶段性供求平衡，向建立长期稳定供给机制转变，实现从装满“菜篮子”向丰富、净化“菜篮子”的转变。农业部形成了无公害食品、绿色食品和有机食品三位一体、整体推进的工作体系和发展格局，推动了农产品质量安全认证和管理工作的全面开展。