世界上许多国家的食品安全保障体系一般由6个部分组成，即法律法规和标准体系、检验检测体系、认证认可体系、执法监督体系、技术推广体系和市场信息体系。通过第三方认证机构的认证活动来加强农产品、食品生产和经营企业安全体系的建设已经成为保障食品安全的重要手段，同时也降低了行政成本，分散行政风险。
认证是当前国际通行的农产品和食品质量安全管理手段，其最具有特色且起着重要作用的功能在于：一是有利于推进标准化的贯彻实施，便于规范农产品种养过程及食品加工、销售等环节，促使农产品及食品的生产者、经营者及相关管理者树立标准意识和质量意识。二是判定农产品、食品是否符合标准，是由处于公正地位的专业化的认证机构做出的。它以不同于农产品种植、养殖方和食品加工方(即第一方)与批发商、经销商(即第二方)的第三方身份，对获得认证的产品持续符合标准和技术规范的要求提供证明，并承担保障认证结果公正和有效的责任。三是有利于解决当前国际农产品及食品贸易遇到的技术壁垒，通过农产品、食品认证的国际互认，便于我国农产品、食品顺利走出国门。四是开展认证适应了政府职能转变和机构改革形势，有利于政府从直接实施产品质量安全检验检测等行政审批性质(直接承担着质量安全的责任)的工作中解脱出来，减少政府的责任和风险，因而对于深化行政管理体制改革，提高政府行政效能，从源头上预防和治理腐败，也具有重要意义。
目前，管理农产品、食品质量安全的方式方法有很多。既有政府的农产品及食品的市场准入制度，出口食品法定检验检疫，企业和批发、经销商的检验，还有由认证机构对农产品、食品进行的质量认证。国家正式推出的产品认证形式有：无公害农产品认证、绿色食品认证、有机食品认证和饲料产品认证。此外，国内还存在有各部门的多种产品认证形式：食用农产品安全认证、安全饮品认证、安全食品认证、健康食品认证等。国家已经推出的管理体系认证形式有：基于HACCP的食品质量安全管理体系认证、用于流通领域的绿色市场认证，可应用于农产品和食品领域的质量管理体系ISO9000认证和环境管理体系ISO14000认证等。正在研究和准备的认证形式有：良好农业规范(GAP)认证、ISO22000食品安全管理体系认证、食品零售商采购审核标准(GFSI)认证等。
申请者应根据农业生产条件及自身经济承受能力，确定产品的消费层次和消费群体，产品实施现有的无公害农产品、绿色食品、有机食品认证制度，即满足一般消费者对质量安全的基本要求，又适应不同消费层次比较高的要求；农产品生产基地实施良好农业规范(GAP)认证，因为GAP是一套针对初级农产品生产的操作标准，它关注种植、养殖、采收、清洗、包装、贮藏和运输过程中的有害物质和有害微生物危害控制；农产品、食品加工企业实施基于HACCP的食品质量安全管理体系认证；流通环节实施食品零售商采购审核标准(GFSI)认证。