食品加工厂应按照《食品安全管理体系》的要求建立食品安全管理体系，形成文件，加以实施、保持、更新和持续改进，并确保其有效性。
加工厂应：
a）识别、评估、预防或控制特定产品对消费者健康有根据预期产生的特定危害，以确保提供安全产品；
b）监视、评价、防范在已放行特定产品中有根据预期发生的特定危害，以保障产品的食用安全；
c）在保障产品食用安全所需的食品链范围内，在组织内外沟通与危害预防、控制、防范过程有效性相关的必要信息；
d） 实施必要的措施，以验证并保证危害预防、控制和防范过程持续的有效性。
加工厂应按要求，策划、实施、检查和持续改进食品安全管理体系的过程，并提供所需的资源。
加工厂应识别特定产品的食品链，确定组织的食品安全管理体系的范围，明确该范围所涉及的步骤与食品链范围内其它步骤之间的相互关系。
加工厂应确保对任何影响产品符合食品安全要求的外包过程实施控制，并在食品安全管理体系中加以识别和验证。
体系文件是食品安全管理体系运行的依据，可以起到规范行为、沟通意图、协调一致、统一行动的作用。食品安全管理体系文件应包括：
a）形成文件的食品安全方针和食品安全目标；
b）食品安全手册；
c）本部分所要求的形成文件的程序；
d）组织为确保食品安全管理体系过程的有效策划、运行和控制所需的文件；
e）本部分所要求的记录
加工、经营质量管理手册：
内容包括：a）产品加工、经营者的简介；b）产品加工、经营者的经营方针和目标；c）管理组织机构图及其相关人员的责任和权限；d）加工、经营实施计划；e）内部检查；f）跟踪审查；g）记录管理；h）产品召回；i)客户申、投诉的处理；j）员工培训。
加工、经营操作规程：
内容包括：a）产品的加工、经营的操作规程；b）防止生产、加工和经营过程中受禁用物质污染的规程；c）产品原料运入、接收、加工、包装、标识、储藏、运输等各道工序的管理规程；d）机械设备的维修、清扫规程；e）工厂废弃物处理规程；f）员工福利和劳动保护规程。
产品的加工和销售计划，包括产品名称、原料来源、加工量、销售量以及销售去向等。
加工用水水质分析报告与产品样品分析报告（执行标准GB5749生活饮用水卫生标准和相关食品分析标准）
工厂全套加工记录样本（原料接收、检验单、原料仓储、各加工工序、产品包装、仓储、发货、运输、质检等等）
设备、车间、仓库、运输工具清洁记录（分别制表记录）
若加工过程需使用蒸汽，并且蒸汽与产品有直接接触，则需提供锅炉水处理的程序、使用的物质名称、标签和使用记录
加工过程使用的各类清洁剂、杀虫剂等物质清单、标签、使用安全物质数据表（MSDS）和使用说明
防治鼠、虫害等有害生物的捕捉器或监视器分布位置图
具有资质机构出具的加工场所有关环境管理质量的相关证明材料以及工厂污染物排放达标情况说明。
加工经营企业废弃物处理记录
生产跟踪批号系统的设置说明和实施情况
申/投诉记录
产品召回记录
组织加工操作员工学习培训的记录及照片