利用微生物产生的酶来生产食品十分普遍。
如利用根霉（ Rhizopus ）、曲霉、毛霉（ Mucor ）、红曲霉 ( Monascus ) 等产生的淀粉酶来水解淀粉用于酿酒、制醋、生产味精等。利用曲霉产生的蛋白酶水解大豆蛋白质生产酱油、酱类。
利用淀粉酶、蛋白酶生产豆腐乳等等。
由微生物产生的酶有：淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶、纤维素酶、半纤维素酶、果胶酶、过氧化氢酶、葡萄糖氧化酶、橙皮昔酶、蔗糖酶、木聚糖酶、菊粉酶、柚甘酶、胺氧化酶、蜜二糖酶、转化酶、凝乳酶、葡萄糖异构酶、花青素酶和乳糖酶等。这些酶可以由细菌、酵母菌、霉菌等微生物的各个类群产生。
不同类群的微生物所生产的同一种酶其用途也可能不一样。
如由细菌产生的蛋白酶可用于制造鱼油或改善苏打饼干及酥饼质量，而霉菌生产的蛋白酶可用于改善面包口味和蛋品加工等。