尽管CAC精心设置了其附属的、标准、指南、推荐机构，针对与食品安全相关的生物、化学和物理危害。风险分析对于食品安全标准的建立具有深远的意义。
对于化学危害，标准一般是用数字表达，基于科学的源自可接受每日摄入量。在生物危害的例子中，法典已经精心设置了标准、指南、和推荐，用来描述过程和步骤，这些地应用减小了危害使他们到达可接受水平。在许多步骤中，很少有定量数据或科学证据，将具体的过程与潜在的生物危害或具体的健康情况连接起来。这种连接很必要，使得标准和法典中的步骤和过程，在WTO调解食品安全措施的争议前可用。此外，这一连接需要评估转换过程和步骤的平衡性。缺少判断平衡的标准对国际贸易是有害的，因为它对于一个具体的结果缺乏灵活性。
法典标准、指南、和推荐里的当前过程和步骤，不允许相关风险的比较或比较食品安全危害的风险。比较化学危害与生物危害，以及生物危害与生物危害之间的比较没有建设性意义。这可能导致事物的选择，增加与食品相关的全部健康风险。例如，使用超氯胺水洗涤以去除致病菌危害，确从氯胺中产生了化学危害。正如HACCP依赖于危害的印记来作决定，方法论需要在比较风险方面是可用的。
（ZYB）
在过去的十年里，在食品法典的框架中，风险分析得到了发展。自从1995年乌拉圭辉回合关于实施卫生与植物卫生措施（SPS）的贸易协议强制执行以来，风险分析的重要性大大增加。
1991年联合国粮农组织（FAO）/世界卫生组织（WHO）召集的一个关于食品标准、食品中的化学物质及食品贸易的联合会议在意大利罗马举行。诸如JMPR和JECFA等提供基于良好的科学和风险评估原则评估的科学会议的重要性，使WHO和FAO采取措施加强了对这些原则方面的认识。随后，FAO和WHO召集了一系列的专家磋商，提出了风险分析的三个组成部分：风险评估、风险管理和风险交流。
1995年FAO/WHO关于食品标准采用风险分析的联合专家磋商作为此类磋商的开始，描述了风险评估的术语和原则，并认为与微生物有关的风险分析呈现出独特的挑战。有关风险管理和食品安全的FAO/WHO联合专家磋商报告确定了风险管理的框架以及食品安全风险管理的要素。关于食品安全事件中风险交流应用的FAO/WHO联合专家磋商则确定了风险交流的基本要素和指导原则以及有效风险交流的策略。
此时，风险分析被认为是食品法典决策过程的一个整体部分。CAC采纳了有关食品安全的风险分析术语的定义，以及与食品安全风险评估作用相关的原则陈述。接着，在1999年，它又采纳了实施微生物风险评估的原则和指南（CAC，1999a）。这些是由食品卫生法典会议（CCFH）制定的，该会议正在制定实施微生物风险管理原则和指南。
除了在风险评估方面的这些进展，第22届CAC大会要求FAO和WHO就食品安全微生物方面的问题召集国际咨询机构，进行风险评估，尤其是微生物的风险评估工作（CAC，1997）。与之相应，接着前期在风险分析领域进行的工作，FAO和WHO1999年3月又召集了一次专家磋商，以在国际论坛上研究微生物风险分析（MRA）专家磋商的主要成果是概述了在国际水准提出MRA的策略和机理（WHO，1999）。接下来，在1999年11月举行的第32届会议上，CCFH认识到在食品中存在严重的与微生物危害相关的公共卫生问题（CAC，1999b）。CCFH确定21种关注的病原商品，根据公共卫生问题的严重程度、相关地理分布的广度、国际贸易、数据的获得能力，以及实施风险评估的其他信息的标准排出优先表。CCFH建议FAO和WHO召集专门的专家磋商，以征集关于MRA的意见，并建议这些磋商应按照1999年专家磋商确定的形式进行。
CAC认为目前风险评估还有些技术性问题，如危害暴露的数据系统;食物安全风险分析中化学污染和微生物危险的评估；风险性管理应侧重于结果还是过程；风险评估的概念及描述:风险管理应以科学为依据还是应考虑其它合理因素；危害分析和风险分析之间的不同等等。
CAC在1998年～2002年中期计划中已明确将风险准则纳入CAC标准制修订过程及CAC决策程序,同时CAC大会敦促下属各分委员会在所属领域内继续研究和应用,并提出“号召成员国政会将风险分析纳入食品立法准则”。应该考虑“其它合理因素”,如福利、消费者的担心和选择的自由。
在风险分析方面，CAC还将采取如下措施：
1.向成员国政府、各法典分委员会及有关国际组织征求对风险评估策略和风险描述的意见和建议，并要求食品法典一般原则委员会（CCGP）从为在23届食品法典大会上采纳这些定义的观点出发认真考虑这些评论意见和建议；
2.要求CCGP为确定风险管理和风险评估的策略、及程序手册中包括的风险交流和文件而制定详细的原则。提出的“工作原则”草案列在CAC的文件ALINORM 97/9-Rev.1中；
3.一旦原则制定了，那么就要按要求制定科学的指南以支持这些原则的一致应用。要求CCGP 来协调这个计划而且还包括所有相关的法典分委员会；
这包括要求涉及风险分析的任一法典分委员会都要用标准化的概要模式在他们各自发表的报告中正式陈述执行法典委员会的原则和指南的情况，以及推荐咨询机构如JMPR和JECFA也如此照办。还要求食品法典分委员会研究制定使用这些原则和指南的标准，作为清单并与他们文件化的风险评估/风险管理政策紧密结合。
4.当原则和指南制定后，原则和指南加上法典体系中的关于风险分析的介绍叙述、及各委员会在执行原则和指南方面的明确职责都包含在程序手册中；
5.认识到不同国家中对食品控制体系等同性的看法是一个关键的问题，食品法典原则和指南将促进这个问题的解决；
6.在食品法典采纳这些原则之前，要求JECFA，JMPR及其他咨询机构和法典分委员会继续评估，并改进已列入优先表中的风险评估和风险管理原理的应用；
7.鼓励进一步研究制定定性的风险评估方案，以(在制定详细的食品标准方面尽快取得进展。
CAC在食品安全风险分析理论的研究方面，特别是风险分析的体系描述、术语定义、原则及指南等方面做了大量的工作，建立了专门的风险分析专家队伍和磋商机制。风险分析随食品法典工作的进展而发展，法典工作因风险分析的开展而在食品安全方面更具科学性和生命力。CAC对风险分析理论的发展与应用，尤其是对全球食品中微生物危害的风险分析工作开展奠定了基础，做出了很大贡献。无论是以前、现在和将来，CAC始终都将领导着全球食品安全风险分析向前发展。