食品中总是存在一些最小限度的生物学风险。危害公众健康的生物学因素（危害）包括细菌、病毒、寄生虫、原生动物、藻类及其它们所产生的毒性产物。在这些危害中，食品中的致病性微生物、特别是致病性细菌，是当前全球面临的最重要问题。与细菌病原有关的风险分析具有独特的风险评估特点。为了确保这些危害被消除或减少到一个可接受的水平，国际食品法典委员会（CAC）及其分委员会为此精心制定了大量包含为阐述这个问题而设计的程序标准和规范法典。然而，CAC认为危害分析和关键控制点（HACCP）是迄今为止所设计的控制食源性危害的最经济有效的方法。在制定一个具体的HACCP计划时，必须明确识别生产工序中所有可能发生的危害，并消除或减少这样的危害到可接受水平，这是生产安全食品的本质要求。不过，确定哪一个可能的危害是“实质性的”并且应当得到控制，将涉及到一个以风险评估为基础的危害评估。危害评估的结果将得出一个应当在HACCP计划中详细说明的显著危害的清单。所以，食源性危害的风险评估，包括生物学危害、化学危害和物理性危害的风险评估，是制定HACCP计划和建立HACCP体系的基础，也是据以建立食品风险预警机制、提出食品风险预警措施的前提条件。
食源性危害的风险评估应当基于科学理论，并且应当是明晰的；它的实施应当按照结构性的方法进行。此外，食源性危害风险评估应当包含不确定的、假设的和可变的输入陈述。食源性危害风险评估应当随着时间的推移，而被重新评估和重新评价，包括对费用、资源、和时间（CAC的观点）的陈述；并且，最终它应当是灵活且与现实生活的情况相联系（OIE；OIE曾对风险评估下的定义是：对在进口国领土内病原因子的进入、生长、或传播的可能性、生物性和经济后果的评价。这个定义不同于食源性危害风险评估的定义，前者的本质是“对所引进有害生物的风险评估”，即所谓的PRA）。食源性危害风险评估是对人类暴露于食源性危害而导致对健康已知和潜在不良作用的科学评价；它是对暴露于危害所产生伤害的可能性和严重性所进行的评价。当考虑食品中化学或生物学危害造成的公众健康风险时，定量风险评估的目的是根据某一事件的概率、根据因暴露于可能引起伤害的因子所导致的不良健康后果的可能性，而去得出一个数学陈述。为食源性病原体进行风险评估的可能的方法包括：概率柱方图（probabalistic scenario）分析，断层树（fault tree）分析，事件树(event tree)分析，以及同样为化学物所提出的从事定量风险评估的范例。
微生物危害一般通过两种机理导致人类疾病。一种作用模式是产生能够起作用的毒素，范围从短期耐受到温和症状到急性中毒，以至于产生慢性病或威胁到生命。第二种作用模式是，通过消化存活的有机体而传染给寄主所产生病理反应。在前一种情况下很容易界定一个阈值。这时某种生物危害物的定量风险评估成为可能。定性和定量风险评估都要依靠在评估过程中收集信息的类型和质量。
当进行定量评估时，他们的应用将会不同，但基本步骤是相同的，作为分析员也不会有必要的信息去建立，对于负面结果的严重性和/或可能性数学的估计。当给许多生物危害评估风险时，充足的数据量可以从事定量分析。然而，分析员将会发现在多数情况下，许多不确定因素将使得定量评估没有实用性，包括如何和何时有机体可以产生致病性。在未来需要进一步的研究，以作出更精确定量的评估。