微生物学危害引起人体疾病一般有两种机制。
第一种机制是产生毒素，这些毒素既可引起短期轻微的症状，也可引起长期的或危及生命的严重中毒后果，即所谓的“食源性中毒”：这是食物中的产毒细菌在适宜的条件下，繁殖并产毒，吞食了含毒素的食物后，引起一系列人体中毒现象；如金黄色葡萄球菌（S.aureus）、肉毒梭状芽孢杆菌(C.botulinum)和产气荚膜梭状芽孢杆菌(C.perfringens)等产毒细菌，均可引起“食源性中毒”。又称“毒素性食物中毒”。
第二种机制是因摄入能够感染寄主的活体生物而产生病理反应，即所谓的“食源性感染”：这是由吞食大量（10７以上）活的病原体引起；这些致病性细菌在人体内、通常是在肠道内生长，导致人的生病。如沙门氏菌属（Salmonella）、致病性大肠杆菌（如EHEC）、变形杆菌属（Proteus）、副溶血性弧菌（V.parahaemolyticus）、蜡样芽孢杆菌（B.cereus）和粪链球菌(S.faecalis)等，均可引起“食源性感染”。又称“感染性食物中毒”。
在前一种情况下，所关注的阈值水平(threshold levels)比较容易定量。在这些情况中，如同某些其它生物学因子一样，定量风险评估是可能的。然而，当考虑到来自致病性细菌的危害时，定性风险评估可能是唯一可行的方法，并藉以获得对与通过摄食暴露有关的危害的严重性和可能性的评估。但是，定量和定性方法都将取决于在风险评估过程中所产生信息的类型和性质。在评估一些微生物学风险时，可以有足够的数据进行定量分析，但是，在大部分情况下，诸多与怎样和何时微生物才表达致病性有关的不确定性，将使定量评估变得不可行。对此，将来需要做进一步的研究，以使评估更加精确以及可以进行定量评估。
当缺乏量的数据时开展一个暴露评估，在特定的加工工序或生产环节对危害水平进行测定，可以为消费者提供一个可能风险的定性标识。在这方面，可以采用微生物危害水平和对人类健康可能的不同作用定性评价的比较研究。