夜光虫是一类生活在海水中的原生动物，在分类学上隶属于鞭毛纲、腰鞭毛目。它们在夜间由于海水波动的刺激能发光，因而得名。夜光虫的身体为圆球形，直径为1毫毛左右，颜色发红，细胞质密集于球体的一部分，其内有核，其他部分由细胞质放散成粗网状，在网眼间充满液体。有两根鞭毛，一根较大，称为触手，另一根较小。它的繁殖为分裂法和出芽法两种，后者在身体表面生出很多小的个体，脱离母体后发育成新的个体。例如闪光夜光虫身体的直径为0．5～2毫米，肉眼看到的是一个个晶亮的小球，有透明的细胞膜、网状分散的细胞质、浓密的细胞核、一根细小的鞭毛以及原生质突起形成的粗大可动的触手。因其体内含有许多拟脂颗粒，故受到机械刺激时能发光。在海水中生活的夜光虫和其他一些腰鞭毛虫（如裸甲腰鞭虫等）大量繁殖可造成赤潮，导致鱼类大量死亡。
近年来由于滩涂海水养鱼、养虾的不断发展，在饲养过程中投下了大量高营养的饲料，那些未被吃完的残料溶于水中或沉下海底，日积月累越来越多，加上抗生素的大量使用破坏了水中浮游生物的平衡，大量的工农业和生活污水不断排人海洋，基于这些原因使海域中营养物质含量不断提高，这样为形成赤潮的原生动物大量繁殖提供了物质基础。如果持续干旱少雨、水温偏高，使得各种条件如水温、溶氧量、pH值等符合之后，腰鞭毛虫类的原生动物就迅猛繁殖，形成了赤潮。
赤潮又叫红水，俗称臭水。赤潮发生后，平静的海面常呈现大面积斑块或带状的变色现象。赤潮生物爆发性繁殖或聚集，覆盖海面，引起海水变色，遮住阳光，造成水体缺氧，产生大量的粘液粘住鱼鳃，以及产生有害气体和毒素，这样使海中鱼类因见不到阳光，呼吸不到氧气而窒息，以及中毒而导致大量死亡。入夜船只划过水面时，船桨会泛起火星而船尾则拖着长长的光带，海浪撞击海岸也会有鳞光闪闪的浪花。几天之后，大量死亡的鱼、虾、贝类等会腐烂发臭，常常使人咳嗽不止、鼻眼刺痛、难以忍受，有时还会危及人的生命。在我国沿海，赤潮生物有近130种。平时，一个海湾可能有多种赤潮生物，但不一定都发生赤潮。富营养化虽是赤潮发生的必要条件，但并非充分条件。只有种种因素，适于某种或某些赤潮生物爆发性繁殖时，才发生赤潮。 近几年，赤潮在我国有发生早、次数多、面积广、危害大的趋势。据报导，1970年以前，我国有文字记载的赤潮有3次。但是，1988～1991年间却发生了80余次，而且危害之重、范围之广，都是前所未有的，造成了海产养殖业的大面积减产和大量的经济损失。这种情况已引起我国各有关方面的重视，并且列为重大攻关课题进行研究。其实，只要采取有效措施，控制生态条件，抑制夜光虫等大量繁殖或用药物杀死它们，或做好预测预报，就完全可以防止赤潮的发生。