药用植物用种子繁殖最为普遍，如人参、西洋参、黄连、当归等，具有繁殖技术简便，繁殖系数大，利于引种驯化和新品种培育等特点。但是，种子繁殖的后代容易产生变异，开花结实较迟，尤其是木本药用植物，种子繁殖所需年限也长。
1．种子特性
种子是一个处在休眠期的有生命的活体，种子休眠受内在或外在因素的限制，一时不能发芽或发芽困难的现象，是植物对外界条件长期形成的一种适应性。种子收获后在适宜发芽条件下由于未通过生理后熟阶段，暂时不能发芽的现象称为生理休眠；由于种子得不到发芽所需的外界条件，暂时不能发芽的现象称为强迫休眠。生理休眠的原因，一是胚尚未成熟；二是胚虽在形态上发育完全，但贮藏的物质还没有转变为胚发育所能利用的状态；三是胚的分化已完成，但胚细胞原生质出现孤离现象，在原生质外包有一层脂类物质，使透性降低。上述三种情况均需经过种子自身的后熟作用才能萌发。另外还有两种情况：一是在果实、种皮或胚乳中存在抑制发芽的物质如氰酸、氮、植物碱、有机酸、乙醛等，阻碍胚的萌发；二是种皮太厚、太硬或有蜡质，透水、透气性能差，影响种子萌发，种子休眠在生产实践上有重要意义，常可应用植物激素，以及各种物理、化学方法来促进种子发芽。
种子是有一定寿命的，种子的寿命就是指种子的活力。即在一定环境条件下能保持的最长年限。各种药用植物种子的寿命差异很大，寿命短的只有几日或不超过去1年。种子寿命与贮藏条件有直接关系，适宜的贮藏条件可以延长种子的寿命。但是，生产上还是采用新鲜的种子，因隔年的种子发芽率均有降低。
2．种子的萌芽
（1）吸胀 干种子大量吸水，鲜重急剧增加的阶段称为吸胀。种子吸水后，种皮膨胀软化，种子与外界气体交换得以进行，同时通过水合作用，原生质由不活跃的凝胶状态变化为活跃的溶胶状态，这就为第二阶段的各种转化提供了条件。
（2）鲜重增加的停顿期 从外表看种子表现静止，没有变化，但内部生理活动极为活跃，进行着种子萌发最重要的生理过程。
（3）幼根突破种皮 由于根和茎的生长，鲜重再次增加，幼苗出土生长。种子须在一定的外界条件作用下才能萌发，萌发所需的条件，主要是水分、氧气和温度。
3．播种
将经过精选和处理的药用植物种子，按一定的规格，播入整地就绪的土壤表层，或在免耕情况下直接播入土中。
（1）露地播种①播种期：根据不同药用植物种子发芽所需温度条件和生长习性，结合当地气候，确定各种药用植物的播种期。一般春播3～4月，秋播9～10月。核果类木本植物如银杏、核桃等则宜冬播。有些短命种子，宜采后即播，如肉豆蔻、细辛、古柯等。②播种方法：一般分条播、点播、撒播三种。条播：按一定行距在畦面开沟，将种子均匀播入沟内，盖土、踩压。条播易于中耕、施肥等管理工作。点播：又称穴播，适用于大粒种子或生长快的苗木，即按一定的行株距在畦面上挖穴，每穴播种子2～4粒，盖土、踩压。发芽后选壮苗，保留一株，其余拔除或移作补苗用，如丝瓜、白扁豆等。撒播：适用于小粒种子，将种子均匀撤在畦面。切忌过密，否则发芽后幼苗生长不良。撒播后用腐殖土覆盖，厚度以盖没种子为度。此法都在苗床育苗时应用，其缺点是不便于管理。③播种深度：所谓播种深度即种子播下后覆土的厚度，应依植物的种类和种子的大小而异。凡种子粒小、发芽率低的应浅播；颗粒大、发芽率高的应深播。④播种后管理：主要是指掌握田间的干湿度，尤其是经催芽的种子，不耐干旱。浇水时要避免土壤板结。出苗以后应适当控制水分，以便幼苗根系向下伸展。
（2）保护地育苗 有些药用植物，为了延长生长期，提高产量、质量，往往提前在保护地育苗，待田间气温上升后定植到大田。目前，常用的育苗设施有改良阳畦、塑料温室与玻璃温室等。①改良阳畦：在拱形覆盖基础上，于覆盖的北侧筑一土墙，骨架一端固定在土墙上，呈半拱形，防寒性能比拱形的塑料棚更好。②塑料大棚与玻璃温室：有加温与不加温两种。热源可就地取材，有煤、柴油、汽油或铺设热水管等。近年，工厂化育苗推行电热线并用控温仪加温。由于地温得到保证，大大缩短了育苗时间。在地热线上铺放床土，床土的配比根据所育幼苗的特性而定，小粒种子如毛地黄、穿心莲等厚度约1cm；大粒种子可相应增加厚度。