将父、母本按一定行比种植在隔离区内，并将母本雄穗全部拔去，使其自由授粉，这种人工杂交方式，称为隔离杂交。
选择自交系
用来杂交的两个自交系，应该是经过测交，证实其第一子代的杂种优势明显，属于优良杂交组合。玉米自交系可向当地生产部门购买。
播种
父、母本在一块地里按2行母本1行父本的行比相间种植，其四周至少500米以内不种与父本不同的品种。形成隔离区。播种时应将亲本之一提前或延迟播种，以使父、母本花期相遇。这是隔离杂交法的成败的关键。
母本去雄
在母本雄穗抽出期间，每天早晨沿母本行仔细检查，发现有雄穗抽出时，立即拔除。拔除时应握住雄穗向上拔，并注意不能损伤茎秆和顶叶。去雄一定要彻底。同时，如果父本行中发现有其它品种植株，也应将其雄穗拔去。全部去雄时间，前后约需10～15天。每次拔下的雄穗，一定要带出隔离区以外，以防止花粉飞散而发生混杂。
授粉
去雄以后，任其父、母本之间进行自由授粉。为了提高结实率，可同时进行人工辅助授粉。特别在父、母本花期不协调，或因气候反常而造成花粉不足时，进行人工辅助授粉，增产效果就更为显著。关于父本果穗，要在母本果穗收获后再进行收获，以防二者混杂。