（一）菌种的鉴定
菌种的质量，对食用菌的产量和质量影响极大。因此，在培育菌种时，要认真对待，严格把关，选用优良菌株，逐级扩大。在投入生产之前，必须进行菌种质量的鉴定，并通过小面积的栽培试验，证实是优良菌种后，再推广使用。常用鉴别菌种质量的方法，有以下几种：
1.感官鉴别法 主要是通过肉眼观察菌丝的生长情况和用鼻闻菌种的气味等方式来鉴别菌种。一般优良的菌种应具有种性纯，菌丝健壮，分枝浓密，生长整齐，无杂菌或老化现象，同时各具有该食用菌的香气。但由于食用菌的种类和特性不同，对菌种质量的要求也不一样。
蘑菇的母种，要求菌丝灰白色，气生菌丝少，贴生菌丝成细线状分布，没有黄白色菌被。原种和栽培种以菌丝生长强壮，灰白色，培养料变黄褐色，拔开瓶塞有蘑菇香气的，为良好的菌种。如菌种收缩离开瓶壁，菌索过多，甚至出现黄褐色水分，则为放置时间过长，生活力差的菌种，不宜采用。
香菇的母种，要求菌丝洁白，是绵毛状，生长快，分布均匀，无杂菌污染。原种和栽培种的菌丝体，如呈白色、健壮、富有弹性，种木仍保持硬实的，则为生活力强的菌种。如有子实体原基或茶褐色菌被出现，一般除去菌被，仍可应用于生产。如菌种收缩过多，过于干燥或菌丝体自溶产生大量红褐色水分，表明放置时间过长，生活力衰退，不宜采用。
银耳的母种要求纯白的银耳菌丝和羽毛状菌丝比例恰当，分布均匀，表面有烟灰色斑纹。用作代料栽培的原种，要求银耳菌丝菌龄较大的，白毛团出现早，色白而结实，吃料不深，就很快吐淡黄色液滴，并迅速胶质化。羽毛状菌丝吃料达1/2～2/3瓶时，耳基开始增大，甚至开片。如用作段木栽培 的原种或栽培种则以银耳菌丝菌龄较小，白毛团大，吃料深，胶质化迟的为较适合。
黑木耳的母种要求绒毛状菌丝洁白，粗壮，无杂菌感染。原种和栽培种培养时间在三个月之内，菌种与瓶壁紧贴，瓶内壁附有少量白色水珠的为新鲜菌种。木屑菌种，上下内外一致，已看不到木屑，瓶壁或表面有浅褐色胶质物或耳芽。种木菌种，菌丝已深入到底层木块和枝条内部，拔去棉塞，可闻到菌种的清香气，而无霉、臭气者，均为正常的菌种。
草菇的母种要求菌丝密集，整齐、灰白色、透明状，有大量或少量红褐色厚垣孢子堆。原种和栽培种全瓶长满白色透明，或淡黄白色透明的菌丝，分布均匀，有大量或无厚垣孢子，无杂菌感染，培养和保存时间在3个月之内的为优良的菌种。
猴头菌种，菌丝浓密粗壮，颜色洁白。上下均匀，瓶面开始出现子实体的，均为生长旺盛的标志。
2.分块法 把菌种从培养瓶中挖出一大块，按等分扒成两块、四块、八块，凡整块多、碎屑少、菌丝布满断面或深入种木菌种的木块或枝条内部，为优良菌种。
3.液体培养法 用2％的糖液100毫升，装入三角瓶中，按常规方法灭菌后，移入黄豆粒大小菌种一块，于25～28℃下培养一周，凡菌种块四周菌丝生长快，浓密洁白，是棉絮状，说明菌种生活力旺盛，若菌块下沉，菌膜很薄，则生活力差。
4.栽培试验 为鉴别菌种的生产性能是否优良；则要用瓶栽或盘栽，以便观察子实体发生快慢、多少、朵大小、产量高低以及环境的适应性和抗病抗虫能力的强弱等。
（二）菌种的保存
无论是母种、原种或栽培种，如果未及时使用，其菌丝就会很快衰老，降低生产力，影响产量和质量。因此，菌种必须进行适当的保存。其目的是保持菌种的生活力，降低死亡速度，保持菌种原有的优良性状，防止退化，确保菌种纯一，防止杂菌感染。
菌种保存的基本原理，主要是通过采用低温、干燥与缺氧的条件，以中止菌种的繁殖，降低其新陈代谢，使之处于休眠状态。菌种保存的方法很多，常用的为斜面低温保存法，液体石蜡保存法等。有条件的还可采用冷冻真空干燥保存法。
1.斜面低温保存法 这是最简便最普通的保存方法。即将菌丝生长良好的斜面菌种，置于冰箱内；在4℃左右低温下保存；以后每隔2～3个月转管移接一次。这种保存方法适于大多数食用菌菌种。但草菇菌种在5℃以下很快死亡；所以草菇的菌种，不断放在冰箱中，置于室温保存即可，每隔2～3个月，也须重新移接一次，防止菌种老化。为防止菌种在保存过程中积累过多的酸，在配制保存母种培养基时添加0.2％磷酸二氢钾或0.02％碳酸钙等盐类，对培养其PH值的变化能起缓冲作用。
为了延长保存时间，试管口处要用塑料薄膜包扎，以防培养基干固。在农村没有冰箱设备的，可把母种试管，用石蜡封口，再用塑料薄膜包封，沉放于清凉的井底保存。
2.液体石蜡保存法 食用菌的菌丝体都可用此法保存，方法简单，只在斜面菌种试管内，注入一层已灭过菌的液体石蜡，注入量以高出斜面1厘米为宜，使菌种与空气隔绝，降低其新陈代谢的活动，然后在棉塞外包以塑料薄膜，直立存放于室内干燥处或低温下保存，一般可保存一年以上。液体石蜡使用前，要在且公斤/厘米2的压力下维持1小时，连续灭菌两次。彻底灭菌后方可使用。灭菌后的液体石蜡，由于有水蒸气渗入，会影响菌种保存质量，因此，需要放在44℃烘箱中，烘烤数小时，使水蒸气蒸发。在室温下也可以，不过所需的时间要长些。
使用液体石蜡菌种时，只要用接种计从斜面上挑取少许菌体，放在新鲜的培养基上；经过培养，即可应用。原种则重新蜡封，继续保存。
3.木屑试管菌种保存法 用杂木屑按原种的培养基配制装入大号试管，容量为管高的三分之二，擦净管口塞紧棉塞，用牛皮纸包扎管口后高压灭菌，然后移入母种，在25～28℃下培养，待长满菌丝后，立即移到低温干燥环境保存、或埋于尿素、硝酸铵或地洞中保存，效果更好，并能延长保存时间。
原种和栽培种培养好后，应立即用于扩接栽培种或栽培生产，不宜保存过久，时间越长，生活力越差，也越容易感染杂菌。若因特殊情况不能及时使用，原种瓶口用牛皮纸包好，置4～14℃条件下可保藏一年左右。栽培种短期保存也可放于阴凉、干