实验动物的选择是医学科学研究中首先要考虑的问题。因为实验动物选择恰当与否关系到课题质量的高低、经费开支的多少、研究途径正确与否以及实验方法的简单与繁琐问题，甚至会影响到课题的成败及研究结果正确性。因此，必须从观念上将实验动物的选择看作科技项目立项查新的文献检索一样，作为医学科研工作中的一个有机组成部分。同时，必须从实验动物学的学科高度给予足够的重视。其次，要了解实验动物学基本知识，这是正确选择实验动物的基本条件。
常用实验动物：
袋鼠(有袋目)、犰狳(贫齿目)、刺猬(食虫目)、蝙蝠(翼手目)、兔、鼠兔(兔形目)、大鼠、小鼠、地鼠、豚鼠(啮齿目)、江豚(鲸目)、海狗(鳍足目)、马、骡、驴(奇蹄目)、猪、牛、羊、鹿(偶蹄目)、狗、猫、鼬(食肉目) 、猕猴、黑猩猩(灵长目)等。
生物医学实验中选择实验动物的基本原则
1.选用与人的机能、代谢、机构和疾病特点相似的动物。
非人灵长类动物----进化程度最高，是最接近与人类的理想动物，如，猕猴。
其他动物----虽进化程度低些，但可以达到实验目的，如，犬、猫、猪等。
2.选用解剖、生理特点符合实验目的要求的实验动物、充分利用不同品种品系实验动物存在的某些特殊反应。
如:
开胸和心脏实验----适宜选用兔做实验；
发热、解热和检查致热源实验-----适宜选用兔做实验；
观察药物对排卵的影响，进行避孕药
研究-----适宜选用兔、猫；
动脉粥样硬化实验-----适宜选用兔、猪、猴；
肝外科实验研究------适宜选用大鼠；
胆囊功能研究------不能选用大鼠；
呕吐实验----适宜选用猴、猫；
变态反应、Vc缺乏症研究----适宜选用豚鼠；
对带有雌激素活性的药物进行避孕药效研究----不能选用小鼠、大鼠；
同品种不同品系的动物存在有很多特殊的反应，应注意选择应用。
3.根据课题研究目的内容选用
相匹配的标准化动物
标准化动物系指，经遗传学、微生物学、环境及营养控制而繁育的动物。
微生物学、环境及营养的控制才能排除动物因携带影响实验结果的微生物、寄生虫及潜在疾病对结果准确性的影响。
遗传学的控制才能排除实验动物因杂交、遗传学污染而造成个体之间的差异，影响结果的可重复性。
实验动物遗传类别选择
近交系----其动物遗传的均质性保证了实验反应的稳定性；
封闭群----能较好地代表自然群体的遗传特性；
F1杂交群----在一定程度上，兼有近交系和封闭群的特点；
突变动物----往往具有鲜明的人类疾病模型特征。
实验动物具体品种品系选择
如果实验结论只针对某一品系则使用一个品系；
如果实验结论针对整个物种在内的一般性研究则使用多个不同来源的品种、品系。
一般对多物种进行实验时，应先选小型动物，再推广到大型物种；要求只能建立在对多个物种进行实验的基础上，才能推广到人类，也称动物实验外推。常用顺序时小鼠、大鼠、兔、犬、猴。
微生物级别选择
普通级----一般为教学示范用；
清洁级----国内科研工作要求的标准动 物，适合于大多数科研课题；
SPF级----国际标准实验动物；
无菌动物-----仅在特殊课题需要时使用。
4.选用与实验要求相适应的
实验动物规格
年龄----年龄不同，其生物学特性往往不同，一般选性成熟后的青壮年动物。太小的动物的生理功能未达到成年水平。太老的动物的各器官老化，代谢功能下降，只在老年医学研究中使用；
体重----在正常营养状态和饲养条件下，体重与年龄有一定的相关性；
性别----许多实验证明，同一品种（系）不同性别的动物对外界刺激的反应不一致。
5.选用人兽共患疾病的实验动物和传统应用的实验动物
有些病因造成人和动物共同患病，其临床过程、病理变化也相似，所以就应选用这样的动物来研究人类疾病；
选择科研、检验和生产中传统使用的实验动物。通过实践积累，各个专业均会在某些方面的课题选定自己常用的动物品种系。
6.实验动物的选择和应用需注意
符合相应的国际规范
国际上普遍要求动物实验达到实验室操作规范（GLP）和标准操作程序（SOP）。这些规范对实验动物的选择和应用、实验室条件、工作人员素质、技术水平、操作方法都要求标准化。这是实验动物选择和应用的总的要求。
遵循国际上的3R规则-----减少动物用量、实验要精细、尽量采用替代物。