在动物房舍设施内使用于动物饲养的器具和材料，主要包括笼具、笼架、饮水装置和垫料等，并还有层流架、隔离罩和运输笼等。这些器具和物品与动物直接接触，产生的影响最直接，务必予以重视。其中，层流架和隔离罩等设备可在房舍设施中独立使用，隔离罩更是现今用于无菌动物饲育和实验的主要设备。
笼具和笼架
在笼外的环境符合质量控制标准的情况下，包围动物小环境的质量很大程度取决于笼具、笼架的情况。笼具要求能对动物提供足够的活动空间，通风和采光良好;坚固耐用，里面的动物不会逃逸，外面的动物不会闯进;操作方便，适合于消毒、清洗和储运;成本低廉，经济实用。现在国内已有多家厂商，生产各种式样和质量档次的笼具。
笼架是承托笼具的支架，使笼具的放置合理，有些还设有动物粪便自动冲洗和自动饮水器。要注意笼具和笼架的匹配，方便移动和清洗消毒。
饮水设备和灭菌设备
动物饲养用的饮水设备，一般采用饮水瓶、饮水盆和自动物饮水器。小动物多使用不易破碎的饮水瓶;大动物，如羊、犬等多使用饮水盆。这些器具的制造材料要求耐高温高压和消毒药液的浸泡。自动饮水器，有方便操作，节省劳力的优点;但易漏水，供水管道不易清洗、消毒，国内使用不普遍。大型的实验动物设施，往往装设无菌水生产设备，用过滤系统和紫外线照射，来清除细菌、真菌和病毒。实验动物的饮水一般无需作蒸溜、离子交换或反渗透等处理，有助于动物对微量元素的利用。
层流架和隔离罩
层流架带有空气净化装置和通风系统，置于普通房间内，可作清洁级动物短时间饲养或实验操作及实验后的观察等使用，如果放置在清洁级房舍内，可用作SPF级动物的饲养或实验观察。层流架根据实验的需要也有正、负压之分。层流架结构简单，投资少无需辅助设备，可独立运转，适合于小型和短期的使用，该设备只能控制空气洁净和通风指标，而其他环境指标如温、湿度等，要由设施内加以控制，所以使用有较大的局限性。
隔离罩是保持罩内无菌环境的全密封装置，是无菌动物饲养、实验操作和实验观察的唯一设备。它主要是作无菌控制，其他环境指标由罩外设备控制，好的设备可维持1--3年的罩内无菌状态。用于无菌动物的隔离罩是正压装置，如作烈性感染实验应采用负压隔离罩。
运输笼和垫料
国际上常用的运输笼具带有空气过滤通风系统和控制温、湿度的装置，运输车辆上也装有各种环境指标的控制系统，形成一个可移动的实验动物饲养设施。我国目前尚未有此类装备，动物运输时，多采用在普通饲养盒外包无纺布的简易运输笼，经运输后的动物就可能达不到质量控制指标了，研制符合标准又适合国情的运输笼具实在是当务之急。
垫料，能吸附水分、动物的排泄物，维持笼内和动物本身的清洁卫生，垫料应不含挥发性、刺激性物质，无毒性，不会干扰动物实验。垫料的原料常用锯末、木刨花、木屑、碎玉米芯等。垫料的原材料常会携带各种微生物和寄生虫，使用前要经加工处理、消毒灭菌、除虫等。欧洲国家多用白杨木屑做垫料，而美国多用碎玉米芯，考虑到了材料的毒性因素和取材的难易。