小鼠的饲养管理非常繁琐，要求饲养人员具有高度的责任心，随时检查小鼠状况，出现问题立即加以纠正。为了使饲养工作有条不紊，必须将各项操作统筹安排，建立固定的操作程序，使饲养人员不会遗漏某项操作，同时也便于管理人员随时检查。
1. 饲喂
小鼠胃容量小，随时采食，是多餐习性的动物。成年鼠采食量一般为3～7克／天，幼鼠一般为1～3克／天。应每周添料3～4次，在鼠笼的料斗内应经常有足够量的新鲜干燥饲料，在小鼠大群饲养中，每周应固定两天添加饲料，其它时间可根据情况随时注意添加。
根据小鼠不同阶段的生长发育特点，应有不同的给饲标准。由于种鼠群和生产鼠群交配繁殖频繁，尤其生产种母鼠的负担重，能量消耗大，因此除供给足够的块料外，还要定时饲喂少量葵花籽、麦芽和拌有鸡蛋的软料。葵花籽供应量为0.5～1克／天／只成年鼠。而麦牙和软料由于微生物条件较难控制，目前趋于淘汰不用，而致力于颗粒料的全价营养，即用维生素合剂代替。
2. 给水
用饮水瓶给水，每周换水2～3次，成年鼠饮水量一般为4～7ml／天，要保证饮水的连续不断，应常检查瓶塞，防止瓶塞漏水造成动物溺死或饮水管堵塞使小鼠脱水死亡。小鼠在吸水过程中，口内食物颗粒和唾液可倒流入水瓶。为避免微生物污染水瓶，换水时应清洗水瓶和吸水管。严禁未经消毒的水瓶继续使用。
3. 清洁卫生和消毒
每周应至少更换两次垫料。换垫料时将饲养盒一起移去，在专门的房间倒垫料，可以防止室内的灰尘和污染。一级以上动物的垫料在使用前应经高压消毒灭菌。
要保持饲养室内外整洁，门窗、墙壁、地面等无尘土。
坚持每月小消毒和每季度大消毒一次的制度。即每月用0.1 ％新洁尔灭喷雾空气消毒一次,室外用3％来苏尔消毒,每季度用过氧乙酸（0.2％）喷雾消毒鼠舍一次。笼具、食具至少每月彻底消毒一次，鼠舍内其它用具也应随用随消毒。可高压消毒或用0.2 ％过氧乙酸浸泡。
应有周转用房，在饲养室使用一年时，将小鼠全部移入，原饲养室彻底整修消毒。
4. 动物健康的外观检查
这是检查动物健康状况的一项常规工作。外观判断小鼠健康的标准是：①食欲旺盛；②眼睛有神，反应敏捷；③体毛光滑，肌肉丰满，活动有力；④身无伤痕，尾不弯曲，天然孔腔无分泌物，无畸形；⑤粪便黑色呈麦粒状。
5. 性别鉴别
成年鼠性别很易区分，雄鼠的阴囊明显；雌鼠可见阴道开口和五对乳头。
幼鼠或仔鼠则主要从外生殖器与肛门的距离判定，近者为雌，远者为雄。另外，雌鼠肛门和生殖器之间有一无毛小沟，而雄鼠则在肛门和生殖器之间长毛。再者，雌鼠有比雄鼠明显很多的乳头。
6. 疾病预防
作为实验动物，实验前应健康无病，所以应积极进行疾病预防工作，而一旦发病则失去了作为实验动物的意义。饲养繁殖过程中应注意下几点：
（1）有疑似传染病的小鼠应将整盒全部淘汰,然后检测是否确有疾病，再采取相应措施。
（2）为了保持动物的健康，必须建立封闭防疫制度以减少鼠群被感染的机会。 即应注意以下几点：
①新引进的动物必须在隔离室进行检疫，观察无病时才能与原鼠群一起饲养。
②饲养人员出入饲养区必须遵守饲养管理守则，按不同的饲养区要求进行淋浴、更衣、洗手以及必要的局部消毒。
③严禁非饲养人员进入饲养区。
④严防野生动物（野鼠、蟑螂）进入饲养区。