种鼠可由外单位引入，也可由本单位自己保种。引种小鼠必须遗传背景明确，来源清楚，有完整的资料，包括种群名称、来源、遗传基因特点及主要生物学特性等。
进入生产的种鼠要经过挑选，即选种。选种在小鼠离乳时进行初选，种鼠应符合该品系的遗传学特征，无变异。双亲体质健康无疾病，活力强。初选时按健康标准一般选留2～5胎的仔鼠，适当延长哺乳期到23天，然后雌雄分开。同时做好记录。在育成期中出现异常者应立即淘汰，同时应适当控制营养，以防种鼠过度肥胖，影响配种。配种前按健康标准和生殖器情况进行定选。小鼠初配的适龄期为60～90天。应选择体质强壮、活泼、被毛紧披而有光泽、尾肥嫩粉红血管明显、眼鼻无异物、无外伤肿胀溃烂、外生殖器发育良好、生长发育正常的小鼠作为种鼠。